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原本中原诸军，左良玉独大，熊文灿不通军务，领军作战常常授权于左良玉，命其统帅诸军，因此左良玉可以说是半个总理了。而且左良玉善于抚军，既有权略又有将略，能保存全军于百万流寇之中然后常常打胜仗，又能为诸军争取利益于朝廷，诸军将领皆乐于为其效力。曾经左军与熊文灿中军发生冲突，双方各有死伤，左良玉亲自找熊文灿告状，说左军上下冲杀在第一线，而中军只在后方护卫，总理如果赏罚不公将会军心不稳。迫使熊文灿将其从广东带来的中军全部遣回，从此之后更加倚重左良玉。
其他中原各将，罗岱勇则勇矣将略不足，能为战将不能为统帅，更何况资历太浅，之前一直就在左良玉麾下任先锋副将。陈洪范太过老迈腐朽，事实上刘重元选定取代他的将领已经在路上。至于龙在田毕竟是土司将领，中原将领不可能服气，其他的刘国能等人出身流贼，至少短时间内镇不住场面。
因此，从一开始，刘重元就引入了尤世威、尤世禄兄弟来中原，以制衡左良玉，不让其一家独大。尤氏兄弟资历老有战功，无论从哪方面都能与左良玉相抗衡。
而且左良玉与尤世威还有一段渊源。崇祯三年，左良玉因为宁远兵变由辽军都司被贬为普通军校，在昌平巡抚候洵麾下做亲军，而当时的昌平总兵正是尤世威。候洵赏识左良玉多力骁勇能骑善射，准备提拔，正巧崇祯四年东虏兵围大凌河，朝廷令候洵组织援军，尤世威需要镇守昌平皇陵走不开，于是顺水推舟举荐了当时尚为小兵的左良玉破格担任副将统领三千部队救援大凌河城，从此左良玉才算是开启了统军生涯。因此，从这个角度，尤世威算得上是左良玉的大恩人，让别的将领来分左良玉的权，即使是祖大寿来，左良玉都会有意见，唯独尤世威，左良玉不能有任何意见。
这样一来，刘重元麾下，尤氏兄弟与左良玉双雄并立，其他龙在田、陈洪范、罗岱和刘国能各自独立领军，俱听令于刘重元，便于其指挥，再加上总理本身的人事权和粮饷权利，足以制衡各军。
接下来，按照刘重元的指示，各军将分拨来的投降流寇，全部打乱编制，按照州县籍贯在分别编组成营，让一个营内的士兵尽量来自同一个县，如果来自同一个县的人数不足，那就来自同一个州府。这样一来一营之内的将士俱为老乡，同气连枝，一个方便管理，另一个也更加团结，增强凝聚力。
这一措施，深得官兵们的欢迎，号令一下，纷纷结队成群的到各营寻找亲戚、同乡，一见面顿时抱在一起哇哇大哭，一叙数年别离之情。原本投降的流寇将领们普遍不愿意麾下部队被分拆，不愿意多年跟随自己作战的老卒七零八落，奈何官军大军环伺，刘重元屡屡大胜声望正高，军令一下，只要左良玉和尤氏兄弟没有异议，谁也没有置喙的余地。
这些个将领们还想设置绊子闹出事儿来，以阻止这条瓦解他们根基的军令，可是军令一下，军兵们欢呼雀跃之情，让所有的反对都烟消云散。
于是，四千多名延安籍的士兵，被分划成两营，名为延安左营和延安右营，分别以延安籍的署理参将李万庆和署理游击王国宁统领之，并分别归属尤世威和尤世禄。
一千多名清涧籍官兵，被统一到一个营，名为清涧营，由清涧籍的惠登相以署理参将统领，归属尤世威指挥。
两千多名米脂籍官兵，也被统一到一个营，名为米脂营，有米脂籍的署理游击贺一龙统领，归属尤世威指挥。
其他陕西的延川、安塞、吴起、宜川等县官兵，纷纷组织成营，分别列入尤氏兄弟麾下听令指挥。一时间，尤氏兄弟大军营地里，陕西话的鼓噪声吵吵嚷嚷，像是过年一样热闹，官兵们兴高采烈的进行整编移营，短短五天之内，尤氏兄弟麾下就基本成军，各有前后左右四营，由降将们指挥，其中军由最精锐的家丁营组成。
左良玉所部几乎没有大动，不过他作为总兵，麾下兵力居然达到两万四千人，仅从编制上也不好向朝廷交代，因此，刘重元与左良玉商量后，提升此次作战有功的卢光祖、金声桓、李国英三人位署理总兵，分别统领五千人马，仍在左良玉麾下归其指挥。
其他龙在田、罗岱也都被提升为署理总兵，各领其众。
至于数千壮勇，刘重元全部并入督标营，由自己亲自指挥。
刘重元督促各部进入战备状态，修理增补兵器，操练兵马准备作战，东虏已经突破长城燕山一线进入京畿，随时会接到朝廷的勤王诏令。众将领轰然应诺。
此番与东虏作战，不同于剿灭流寇，东虏的作战能力非常强大，这尤氏兄弟、左良玉、罗岱等将领都曾经在辽东与东虏打过仗，是深有体会。刘重元提出明号令、重军纪、强侦查、练厚阵的训练方针，得到了众将领的一致认可。
所谓明号令，是针对当下大军混杂，投降的流寇过多而来。这些流寇出身的官兵，虽然富有战斗经验，但是缺少正规作战经验，常常有利则动无利则遁，这在流寇时期没什么大不了的，但是再面对东虏这等强敌时，对阵之时哪一军要是先逃了，那可就是动摇全局了。所以说大兵团作战，纪律最重要。当下最要紧的就是要明号令重军纪，要让全军上下将军法如山这四个字刻到骨子里。
至于练厚阵，也是根据当下大军素质不高战斗力弱于东虏，甚至弱于普通明军来的，只有结成厚阵，以层层叠叠的火器、刀枪组成有纵深的大阵，才能抵挡的住东虏锐利的进攻，不至于因为一处阵线的崩溃造成全局的崩坏。这也是明军对抗东虏血的经验教训。
强侦查为什么要单独提出来呢？将领们都知道侦查的重要性，孙子曰：知己知彼百战百胜，知己而不知彼一胜一负；不知彼不知己每战必贻。这话总结的有些笼统，刘重元就想过，如果两军对阵，一军知己知彼，另一军知己但不知彼，那两军对阵胜负几何呢？玩笑了。
为什么要强调侦查？因为面对东虏，明军的侦查工作实在是太不给力了，或者说东虏的战场侦查工作做得太出色了。脱胎于渔猎的女真人，从一开始就十分重视战场侦查，早在八旗军建立初期，努尔哈赤就亲自充当战场侦查员，在攻打明朝城池时也善于利用蒙古人搜集情报，取得了一系列成功。黄台吉继位后对八旗军侦查兵的使用升到了战略高度，在多次大战中利用侦察兵取得了不少绝密情报，并对明军进行了信息封锁。在著名的大凌河之战前，八旗军以岳托等人的部队为主建立了庞大的侦查、封锁网络。八旗军一方面侦查明军动向，一方面大肆捕杀明军侦察兵，造成明军的战场黑洞，因此，与东虏作战，明军往往变成瞎子，不知东虏何人领军，不知东虏往来何处，不知东虏战略目标。
而为了进一步提高战场侦查能力，每个牛录精选出十人组成巴牙喇兵，也就是护军作为他和其他王公大臣的护卫，又从巴牙喇兵中进一步精选出作战经验丰富的精锐组成巴牙喇前哨兵，专门负责战场上侦查和截杀对手的侦察兵。
辽东明军不是不知道东虏的这套战术，也不是不知道侦查的重要性，但是奈何能骑善射的精兵那都是宝贝，往往都是将领们重金招募的蒙古家丁，是将领们战场上的最大依仗，战场有利时作为核心预备队发起致命一击，不利时也能护卫着将领们逃跑，因此怎么舍得投入到看不到战果而又战死率极高的侦查行动中呢？
针对这一状况，刘重元与尤氏兄弟、左良玉等将领反复商议，决定各营都要抽调精锐敢战、弓马娴熟的勇士，以每营一百人为限，组成前锋队，配备最精良的武器和最好的战马，专司战场侦查，同时猎杀东虏的侦察兵。
为了进行专业的训练，各营的前锋队集结起来统一训练，由罗岱负责，罗岱作战勇猛，在辽东做过夜不收，有丰富的与东虏进行侦查与反侦查绞杀作战的经验。
时间不够，其他的战术动作估计来不及训练了，暂且把这几项练好，总能立于不败之地吧。刘重元只能这样安慰自己。
在反复督促各营加紧训练的同时，刘重元也写奏章给皇帝和杨嗣昌，报告当下中原剿匪军的状况：在擒拿张献忠，迫降罗汝才并招抚李万庆之后，中原的流寇只剩下革左五营这一大股，为了对抗东虏策应直隶的安危，他决定将革左五营交给湖广巡抚、安庆巡抚和梅之焕去对付，他自己率领大军进抵开封，随时准备率军进入直隶勤王。
不过当下大军兵虽众，确是鱼龙混杂，有一大半都是投降的贼寇，军心未附，骤然北上直隶对抗东虏，恐怕有哗变溃散的风险，因此刘重元请求朝廷让他在开封驻军三个月，让他进行强化训练，同时也可以作为南线守住河南和山东，防止东虏进一步扩大劫掠。
此外，最重要的是，刘重元希望朝廷能够为大军发粮发饷，还要准备棉衣等后勤物资，以解燃眉之急。大军即将与东虏大战，无论从哪个角度，都必须拿出点儿东西来让军心归附朝廷啊！
当下，中原大军粮食仅有河南巡抚准备的一点儿，只够十天半个月所需，这个必须尽快解决，一旦断粮就有哗变的危险。饷银除了原来一万余人有兵额能够领到军饷之外，其他六万人都没有军饷，现在大战在即，要人卖命总要发点儿钱吧。然后就是装备弹药这一块儿，哎，从兵部出来的，刘重元如何不知道朝廷也没有多少，但是七万大军总要兵刃才能作战啊，不要肯定没有，要了说不定能拨来一点儿，刘重元就干脆提出，希望能够授权他择地建设兵工厂打造兵器。
以上种种，忙得刘重元是脚不沾地，干脆就在大营里设置总理衙门，他每天就睡在大帐里，每天骑马巡视大军。