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且说侯生和卢生二人亡命而去，嬴政的愤怒是可想而知和无可指责的。别人逃跑也就罢了，可偏偏是你们两个！要知道，我豢养的术士虽多，却独独对你二人最寄厚望。凡你们所求，无不应允，凡你们所欲，无不得到。我何曾亏欠过你们？我何曾让你们作难？试问，我还需要做些什么，才能让你们更加满意？可是没用，可是你们还是要逃！你们当我是什么，一个可以愚弄在股掌之间的冤大头吗？
说起来，侯生和卢生这两人也确实不地道，光顾着自己逃命，却浑然不顾那些还留在咸阳的同行们的死活。果不其然，他们刚逃走没几天，一场灾难就开始降临在他们的同行身上。
嬴政一声令下，还没来得及逃离咸阳的术士们被悉数缉拿归案，关押一处，先由御史宣读诏书。诏书道，
吾前收天下书不中用者尽去之。悉召文学方术士甚众，欲以兴太平，方士欲练以求奇药。然而，韩众入海求仙，一去再无音讯。徐市等费以巨万计，终不得药。卢生等吾尊赐之甚厚，冀望极深，数年来却毫无所献，徒奸利相告日闻，欺吾仁厚而不忍责罚也。今卢生等不思图报，乃亡命而去，又复诽谤于我，以重吾不德。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱黔首。
诏书宣读完毕，接着就是要老实交待问题了。严刑拷打之下，诸生为求自免，互相揭发，乃至不惜编造，牵引诬告。审理下来，得犯禁者四百六十余人，皆坑于咸阳，使天下知之，以为警戒。
此一事件，后世往往和焚书并列，合称为焚书坑儒。但究其原委，所谓坑儒，本只是对良莠不齐的术士队伍的一次清理整顿而已。这被活埋的四百六十余人，乃是候星气、炼丹药的术士，并非儒生。司马迁在《史记；儒林列传》中也有明言：“及至秦之季世，焚诗书，坑术士。”可见，根本就没儒生什么事。
那么，坑术士又是在何时开始被误传为坑儒的呢？
首先提出坑儒的，是在东晋年间。梅颐献《古文尚书》，附有孔安国所作的《尚书序》，其中有云：“及秦始皇灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士，逃难解散。我先人用藏其家书于屋壁。”这时，坑术士第一次被变性为坑儒。后来，随着《古文尚书》被定为官书，坑儒的说法于是沿袭下来，遂成定论。
对于梅颐所献的《古文尚书》及孔安国所作《尚书序》，前人多有辨疑，到了清代，其伪书的身份已成盖棺定论。
伪造者虽千差万别，心态却完全一致，那就是莫不希望以假当真，成功蒙蔽世人。譬如，造假书画的人，在造假完毕之后，总会不惮辛苦，再伪造出名家的印章和题跋，以标榜名家品鉴，流传有绪。《古文尚书》的伪造者虽已不能得知，但其心态却也同样如此，所以才会多伪造出《尚书序》来，并假托在孔安国名下，以形其真。
伪造者将坑术士改为坑儒，其实也只是为了引出下句“我先人用藏其家书于屋壁”，从而表示《古文尚书》其来有自。考其最初用意，大概也只是欲售其伪，并无心向嬴政泼脏水。后世却据此将坑儒判为铁案，想必是大大出乎其意料之外的了。
作为掌握了主流话语权的儒者，他们也无意纠正这一错误。一方面，他们高唱复古师古之调，另一方面，他们却又深谙一切历史都是当代史的道理，只要历史有利于当下，则其真伪又有什么要紧的呢？
从理智上，他们也许怀疑坑儒是否确有，但从利益和感情上，他们却宁愿相信坑儒是为必有。
坑术士变成了坑儒，对他们无疑是有利的。这样一来，嬴政就成了一个负面典型，可以被他们经常拿来念叨，他们念叨的目的，还是不外乎给当时的帝王听。你看，嬴政就因为坑了儒生，帝国迅速土崩瓦解不说，还落下了千古骂名。所以，陛下英明，不用微臣再多提醒……
坑术士变成了坑儒，也可以满足他们的感情需求。这倒不是说他们患有“被迫害妄想症”，而是他们作为一个群体，要维持自己的团结和信仰，除了圣贤经典之外，同样需要一些殉道者，一些圣徒。而话语权在握，自然可以为本群体追认烈士，即使这些烈士并不存在，那也可以通过修改史料创造出来。而有了这些殉道者的存在，他们这一儒家群体也就添加了无限的荣耀和光辉。
儒者将坑术士揽到自己头上，心安理得地将自己打扮成受害者，并从中得到了莫大的安慰。如果你说坑的其实不是他们，他们一准得跟你急，你干吗不坑我们儒生，你瞧不起我们还是怎么的？
然而，恕我直言，在当时嬴政的心目中，儒生的地位的确远不如术士高。儒生只会以古非今，而术士却可以让他成仙不死，两者的重要性自然不可同日而语。以儒生当时的地位，也根本不可能引得嬴政如此大动肝火，痛下杀手。
当然，自汉以来，儒家的地位迅速提高。时至今日，儒依然作为一个褒义词而存在。比如说儒商，虽实际是商，却也得把儒摆在商前面。然而，儒商这词，其实和后现代这类词一样，纯属胡言乱语，不知所云。儒商不两立，要么就儒，要么就商，焉能兼得？