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连续发生同未确认生命体有关的杀人事件，未确认生物体对策组的新研究的G3系统，初出动就不敌对手美洲勋爵，当G3被猛烈攻击，非常危险时，谜一样的幪面战士阿极陀出现，一招就将美洲勋爵打败消灭！
连环杀人事件再次发生，原来另外还有两头美洲勋爵，当它们要杀害一个双生女学生的另一人时，被跟踪的北条透阻止，但透不敌，幸冰川装着成G3来迎救，后来G3不敌两头美洲勋爵，阿极陀再次出现，合二人之力将两头美洲勋爵消灭，但阿极陀却突然向G3出手！
一个尸体在遗迹发掘现场被发现，可能是unknown做的，诚的追查下，发现受害人家中有一不可思议的瓶子，他推测受害人因有超能力而被杀害。原来人是龟勋爵杀害的，当他再次出手杀人时，翔一感应到，赶到现场和龟勋爵展开战斗；其间另一龟勋爵出现夹攻变身了的幪面超人阿极陀。而真鱼追纵到来发现翔一能变身的秘密。另一方面，研究所成功解读神秘物体的密码将封印解封，出现两个奇怪的东西。
两个乌龟状的unknown逃走后到处杀害人类，而G3未能及时修理，诚只有眼睁睁看着市民受害不能施以援手，另外关于瓶子的事，美杉排除是超能力的可能，当要打破瓶子来证实时，unknown再次出现，诚及翔一分别赶往营救市民，最后合二人之力将两个unknown消灭，而美杉家中的瓶子却给放学回来的太一打破，取去内里的100！另一方面，三云以3万年前的遗传因子做实验，却制造出一个婴孩来！
凉因为身体的变化感到不安，想找知道内情的教练商量，但教练又因害怕而避开他。另一方面，美杉找来学生片平真由美来当真鱼的补习老师，原来真由美是凉的女朋友，凉曾经因为专注于游泳练习而冷落她，在无助的情形下再回来找真由美修好。另外，真由美的父亲片平久雄被unknown毒蛇勋爵杀害，当它向下一个目标真由美下手时，暗中保护她的诚出现救援，但却不敌，幸翔一变身的阿极陀及时出现与毒蛇勋爵周旋，这时候另一个女毒蛇勋爵出现夹攻，还有一个神秘小孩斗真出现观战！
真由美无事被阿极陀救出，后来却再次与凉一起遇上男毒蛇勋爵袭击，当凉被袭，险些送命时，突然变身成幪面超人矶烙使，真由美以为他也是怪物一类，要和他分手，后来当女毒蛇勋爵再出现袭击一个男人时，阿极陀来对付他，但男毒蛇勋爵却想再次袭击真由美，凉为了保护真由美，变身成矶烙使将男毒蛇勋爵消灭，女毒蛇勋爵被阿极陀打伤逃去，却遇上三云子，将她杀掉！神秘小童斗真出现，要女毒蛇勋爵自杀！
北条透以黎明号事件要挟上头，令他们停止G3的运作，要检讨冰川诚是否适合做G3的装着员。另一方面，凉受伤后被神秘男孩斗真所救，不知为何斗真突然成长为一个少年。而真鱼又在翔一的记忆中看到亡父被杀的影象，令她很困扰！unknown乌鸦勋爵出现杀人，翔一变成阿极陀，对付他，却因速度不及会飞的乌鸦勋爵而被打败！
真鱼怀疑翔一是杀死父亲的凶手，感到十分烦恼，后来看见翔一的行为，觉得他不会是个杀人凶手，将一切疑虑消除！北条透终于得尝所愿被委任为G3的装着员。乌鸦勋爵在G3停止运作期间到处杀人
白洛辰翘起嘴角，戴上ooo驱动器，送入虎鲸核心硬币、电鳗核心硬币和章鱼核心硬币，用o扫描仪扫描后说道：“hensin！”（变身！）
“Shachi·Unagi·Tako！”（夏池·Unagi·Tako！）
“Sha-Sha-ShaUTa！”（沙乌塔!）
“Sha-Sha-ShaUTa！”（沙乌塔!）
变完身便直接使出：“OctoBanish！”（奥克托放逐！）
将“TakoLeg”束成钻头状旋转，贯穿敌人。
嘭！！！！！
乌鸦勋爵直接爆炸
白洛辰什么都没有管直接解除变身，含着一颗棒棒糖直接离开了！
北条透成为G3装着员在练习时表现很出色，得到各方面的赞赏，但澄子始终认为冰川比较适合！真鱼与翔一在路上遇到一个叫三浦智子的女子说是认得翔一。之后她约了翔一见面，后来却发现她在见面地点被杀，冰川怀疑翔一与凶案有关，将他带回警处查问。另一方面，章鱼形Unknown出现杀人，北条透初次化身成G3，成功将章鱼形Unknown消灭！
苇原凉和翔一都不约而同去寻找一个叫筱原佐惠子的女子，凉是为了解开父亲死去之谜，而翔一和真鱼是去寻找自己的过去。另一方面，透因为失误而失去了G3装着员的身份，新一个Unknown班马形Unknown出现杀人！
佐惠子回避凉，不回答关于他爸爸的事，只说甚么也不知道，后来翔一他们在数树口中知道佐惠子也是半年前黎明号事件的受害人，她更因此而迷失了自我！这时两个Unknown，黑、白班马形Unknown分别去袭击佐惠子和孕妇，阿极陀和矶烙使分别出击，最后都分别消灭了两个Unknown！故事尾声再出现一个神秘男子，他去探斗真，最初在纸上写上津上翔一的名字，但后来却将名改为沢木哲也！
很快就到真鱼17岁生日，自从她的爸爸被杀已经过了两年，原来负责调查这案件的正是河野警员，冰川诚知道后想帮忙再查一次，他们再到真鱼以前家中，发现有一根柱子内藏有一盒录像带和奇怪颜色的网球，正当想进一步查看录像带时，因为又再发现被Unknown杀死的死者，于是冰川诚要赶到现场去，之后，真鱼被蝎形Unknown袭击，刚巧翔一和她一起，立即变身成为阿极陀，但最后却不敌，被打晕了！