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翔一被打败，更被蝎形Unknown注入一种奇怪金属，在24小时内就会被夺去体内的热能而死，死状就像被冻死一般，但若能消灭蝎形Unknown，他就有救！另一方面，冰川诚怀疑真鱼的爸爸风谷伸幸也是被Unknown所害，因为在他的屋中发现了一个奇怪的网球和一盒甚么也拍不到的录像带，所以以为风谷伸幸也是一个拥有超能力的人。在仍有4小时就够24小时的时候，蝎形Unknown再次出现攻击真鱼，翔一变身成为阿极陀，但仍然不敌蝎形Unknown，但在斗真力量帮助下，令阿极陀电单车进化成飞行形态，在它的加速帮助下，令阿极陀的攻击威力倍增，将蝎形Unknown消灭掉！
北条透提出一个阿极陀捕获作战，并得到上头的准许，但他却不理上头的反对，坚持要使用毒气弹。美杉義彥因工作要離家三天，一個家務助理亞紀到美杉家中照顧三人，太一對她很有好感，但她卻原來是來調查翔一的。另一方面，苇原凉也到来找她，难道她也是黎明号的生还者？
苇原凉想打听有关父亲的事，但亚纪推说甚么也不知道，凉惟有跟纵亚纪，希望能得到线索。一次，翔一和亚纪一起去买菜、在鲜鱼店外遇上冰川诚，亚纪一见冰川显得很害怕及立刻逃走，冰川追着他，途中苇原凉出现，亚纪应承告诉他想知道的事，于是凉出手阻止冰川，之后亚纪再遇上翔一，并说出她与翔一本来是一对情侣，但真鱼却不相信，并将她赶走。回家途中，亚纪遇上胡狼形Unknown的袭击，阿极陀出现阻止，之后凉出现保护亚纪，并在她面前变身成矶烙使。
北条透带领的捉拿特种部队已经准备就绪，追踪亚纪，待Unknown出现攻击她，阿极陀营救她时，捉拿他！另一方面，亚纪知道凉能变身成幪面战士后，为了自己安全，以消息来换取凉的保护，因而在Unknown出现时，第一时间出现的是矶烙使，而透迫于形势命令特种部队攻击矶烙使，但不成功，更被攻击，幸G3及时出现救了他！而阿极陀也将逃掉的胡狼形Unknown消灭！
上头派来一个叫司龙二的课长来领导G3陪队，他是北条透以前的上司，二人关系很好，司龙二似乎不太认同冰川诚他们一直以来的调查方向，水螅形Unknown出现杀人，他们循遗物中一个面包袋到花村面包店查探死者身份，在这里遇上搬离美杉家，在此处做兼职的翔一，而面包店老板见到北条透和司龙二时显得惊慌，之后更将做面包的独门方法交给翔一，像要交代身后事似的，后来他真的被杀，更被凶手布置成Unknown杀人事件般！水螅形Unknown再次出现杀人，G3系统赶到阻止，翔一也变身成阿极陀出现！
干部会接受司龙二的提议，解散现有的G3部队，重新组织一个新G3部队，但在宣布这件事之前，北条透从一份三文治加上其它蛛丝马迹，发现原来杀死花村志久是为了妹妹被杀害的司龙二！另一方面，水母尊者再次出现害人，翔一变身成阿极陀将其消灭！而身体虚弱的凉去到亚纪家中遇上翔一！
翔一收留了阿凉，沢木哲也用从斗真身上得到的能力为亚纪潜在的力量开封，之后亚纪用这些力量来向曾经伤害过阿凉的那些特别部队队员报复，当她向北条透出手，要杀他时，女形Unknown和两个手下出现袭击亚纪，翔一及时出现，先将蓝色形Unknown杀掉，但之后却被女形Unknown和红色形Unknown夹击！另外真鱼到亚纪的家去找翔一，却遇上被神秘声音影响的阿凉！
Unknown们欲置亚纪于死地，但她已今非昔比，可以超能力击败单一Unknown！亚纪再遇凉，惊见他未死，但自觉已踏上不归路，继续追杀北条。亚纪拥有一股力量会为她带来甚么结果？凉的命运又会如何呢？
凉看见亚纪死在阿极陀怀里，误会他是凶手，誓击杀之报仇！澄子检讨实战经验后感到G3不足，开发大幅强化的G3-X。与此同时北条联同大学教授研制V1系统，希望可以取代G3。高层决定让双方各自完成，再比试看谁的系统较强，才决定由那个系统肩负对付Unknown的重任。
冰川在G3-X测试中晕倒，澄子感到冰川似不适合当G3-X的装着员。坚毅的冰川强忍G3-X对他做成的创伤，求澄子多给他一次机会。但结果G3-X在演习时失控，似完全失去理性，发狂的击毁V1！导致北条受伤！后来G3-X轻易打败了蜂Unknown！最离奇是他竟攻击阿极陀！
发生了G3-X袭击V1的事，澄子须作出解释，她陷入两难局面，她不想指出是因冰川未能配合G3-X，但若归咎G3-X，它就会被放弃。另方面，冰川知自己不配合G3-X，想起澄子说翔一是合适人选，于是求他来试装着，翔一答应，在Unknown出现时装着G3-X出去迎战！
翔一成功以G3-X击败Unknown！冰川却因此被处分调职，北条继任装着员，澄子不满现在的G3-X，请高村教授再开发V-1，高村教授反问她何不改改G3-X！与Unknown激战后，阿极陀遇上为复仇而来的矶烙使，无心恋战下中了重招，被打至落花流水，巨大的冲击令翔一的记忆恢复过来！
翔一回复记忆后，立刻去找一个人，一个名叫「津上翔一」的人！凉继续寻访黎明号的生还乘客，关谷真澄知道亚纪和佐惠子都在见他之后死去，十分害怕，决定连同另一乘客相良克彦远逃。Unknown出现截击，凉及时赶到将之击退。这时，相良克彦的力量也开始苏醒……
小孩淺野一輝的父母在交通車禍中死去,他為了逃避而想遠走他方。涼勸他要面對現實，卻不被接受。