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Unknown出现袭击一辉，凉变身矶烙使迎战，一辉受到凉坚毅地面对困境所感动，终于鼓起勇气，坚强做人，到丧礼送父母最后一程。
今次Unknown杀害的人被警方发现是七年前的银行大盗！他的弟弟是劫案同党，现在不知所踪。既为保护，亦为捉贼，冰川决意找出他！虽然借助了真鱼的超能力，却仍不成功。冰川灵机一触，再布局，加上翔一的帮助，终于成功令犯人自首！
沢木哲也希望被杀了的阿凉复活，找超能力者相良克彦帮忙，却都失败了。随后他令真鱼的力量觉醒，但真鱼的力量却失去控制，去伤害欺负她的同学，她深感懊恼之际，北条说出杀死她父亲风谷伸谷的人可能是失控的超能力者，真鱼怀疑自己是杀父凶手。
正当真鱼感到很沮丧，相良克彦依照沢木哲也的吩咐把她掳走，并展示自己也拥有超能力，以此劝她加入，做他们的同伴。真鱼的失踪令到翔一十分担心，努力寻找下他找到了真鱼，但她竟决定留下来而不回家，这时Unknown却出现把相良克彦杀害！
沢木哲也欲借真鱼的力量令凉复活，但只令凉稍有反应，却未能苏醒。关谷真澄受惊于相良克彦之死，到处找其它黎明号的成员，但那些人都离奇被Unknown逐一杀害！她唯有回到原来的地方，更怪异是她竟连同Unknown袭击真鱼！
入侵真澄身体的Unknown就是当日袭击黎明号的，翔一曾险丧命他魔爪，潜意识对它非常害怕！甚至不敢面对它！真鱼知情后求助阿凉，希望他能保护翔一。为报真鱼救命之恩，阿凉当然答应！Unknown再出现，翔一在凉面前变身阿极陀，被打败！阿凉变身矶烙使战斗，翔一和阿凉都知对方的身份了！
翔一的身体发生异变，须在凉的家中休养。凉对真鱼直说，这次的敌人十分厉害，非他所能应付，真鱼惟有再请冰川保护翔一。后Unknown出现，凉和冰川迎战，但相继不敌！这时真鱼向翔一说：〔为自己而战也是保护他人！〕翔一重新振作，变成比普通阿极陀更强更劲的燃烧形态阿极陀！
阿凉和一名叫木野熏的男子在街上遇上一个被Unknown袭击受伤的女子，二人将女子送到医院，木野更替女子做手术，原来他是个极出色的外科医生。及后浩二与阿凉遇上unknown，阿凉变身成矶烙使却不敌，这时木野熏来到，并变身成十分强悍的另类阿极陀！
阿凉见木野熏既以医生又以另类阿极陀的身份去帮有需要的人，立志要以矶烙使之力去帮人，浩二也希望能变阿极陀。但木野熏却不是这样想。他既阻止浩二变阿极陀，更要对付阿凉！因为他认为世上有他一个阿极陀便足够！他要成为最强阿极陀去救他的弟弟！
木野阿极陀继续袭击矶烙使，凉不敌受重伤。刚巧北条透和冰川诚到场目睹阿极陀变回木野，得知阿极陀会变回人，北条重提阿极陀捕获计划。当阿极陀以最强终极形态ShiningForm击退Unknown后，翔一即被北条围捕。受伤的阿凉被送到医院，却遇上木野来替他做手术！
当木野想加害阿凉时，从他的弟弟雅人移植过来的手却诡异地自行抗拒，阿凉乘机逃脱。在警署内，翔一亲口承认了自己是阿极陀，小泽澄子知道后，要求与他见面，会面时得知冰川遇到Unknown，澄子强行带走翔一，阿极陀初遇上木野的另格阿极陀。
两个阿极陀的激烈大战，在木野的手臂再次失控制下结束。浩二和阿凉虽然成功逃掉，但阿凉却伤重濒死，这时哲也出现，要浩二放弃阿极陀力量。木野杀到，幸翔一及时赶到再战木野，但当木野以阿凉性命威胁时，翔一只有束手待毙。这时阿凉接收了浩二的力量，身体强烈变化，怒叫下变成超极矶烙使。
变成超极矶烙使的阿凉力量大增，轻易将木野阿极陀打败，冰川诚始终不能接受翔一就是阿极陀，因为和他心目中的形象相距太远，太没英雄气概了，但后来二人再次合作将unknown杀败。另一方面，北条透继续调查木野，发现他家中有一封奇怪的信，是由一个叫雪菜的人写给津上翔一的。
冰川诚寻找翔一，想寻求变身成阿极陀的秘密，之后二人为了寻找木野熏去找苇原凉帮助，虽然能与木野见面，但木野却不跟他们合作。另一方面，水之使者在斗真体内再次进化成另一形态，之后去对付阿极陀，终于与两个阿极陀、矶烙使和G3-X遇上，更以一敌四，但仍然占尽上风，而翔一在受伤后惊觉自己是曾经在黎明号上的乘客。
翔一昏迷期间记起在黎明号上发生意外时的情况，记起上船后与每个乘客由相识到出现奇怪事件的过程，先是一个神秘少年的尸体被发现，之后遇上暴风雨，已死的少年再次出现，他说要启发潜藏于翔一体内的力量，发出一阵强光后少年就消失了，继而出现的是一只怪物(水之使者)，他将初次能变成阿极陀的翔一打进海中，之后向众人说，因为他们都被光芒照射过，所以都会变成阿极陀，但只要众人有变成阿极陀的先兆，他就会再来对付众人，令所有人都觉得命不久矣，所以才有以后的奇怪行为。当翔回复对这件事的记忆后，再次变身成阿极陀，要对付水之使者。
當翔回復對這件事的記憶後，再次變身成亞極陀，要對付水之使者。