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雷古曼、加比纳、森美拉、吉亚多、索里、卡维力获得了十二星龙的武器，分别组成了霹雳双剑、海神之弓、玲珑双盾、伏击巨锤、追影双刃斧和炫金钻头六大武器，利用这六大武器，它们成功击碎了巨时钟，逃出了异龙域。
异龙域被破解后，心有不甘的千帆利用匹匹龙分散了斗龙战士的注意力，自己去郊外工业区的阁楼带走了龙印之门，同时利用龙印复活了在古裂山发明的六大暴龙，并且将六大暴龙带回了阿莱达。
为了保护阿莱达，斗龙战士、狄古、阿迪通过六星门重新回到了阿莱达。此时，六大暴龙不但多了强大的武器，千帆更是利用发明六大宝贝龙时的超极磁波加强了六大暴龙的力量。导致六大宝贝龙一发起攻击，力量立即被反吸取。阿莱达因此面临一场前所未有的危机。
为了雷古曼它们的力量被六大暴龙吸光而永久退化，太古教授紧急启动了星象轮，引起了一股强大的磁力，导致六名战士、六大宝贝龙、六大暴龙、阿迪、匹匹龙、以及机器兽龙同时被吸进了冒险境地。
雷古曼被重新吸回了冒险境地——末日火山，但是雷古曼却敌不过力量强大的暴烈骇龙。同时被磁力吸过来的吉亚多和加比纳，也不是暴烈骇龙的对手。就在洛小熠、凯风和子耀绝望之际，古裂山哈巴龙、火柴龙、哀鸣龙、炫冰龙、水怪龙、敌敌龙和地灰龙来到了末日火山，将自己的力量献出了雷古曼、加比纳和吉亚多，使它们获得了终极力量，合体进化为圣斗神龙——亚烈。
雷古曼、加比纳和吉亚多合体进化成亚烈后，与暴烈骇龙展开了一场激烈的战斗，就在快要击败暴烈骇龙时，蜘蛛毒龙却突然出现了，和暴烈骇龙联手与亚烈战斗。
卡维力、森美拉、索里在落日荒岛与骷髅煞龙展开战斗，但是却屡战屡败。紧急关头，东方末、百诺和蓝天画召来了古裂山小恐龙们，阴影龙、孤独龙、旋风龙、大话龙、巫术龙和黑灵龙将自己的力量齐齐献给了卡维力、森美拉和索里，三人因此获得了终极力量，合体进化成圣斗神龙帝古奥。
卡维力、森美拉和索里合体成圣斗神龙帝古奥，成功击败了骷髅煞龙，但同时雷鹰魔龙却出现了，与骷髅煞龙一起对抗帝古奥。
洛小熠、凯风、子耀、亚烈、暴烈骇龙、蜘蛛毒龙被磁力吸至了沙雾迷都，而巨鳄霸龙早就在这里等候着，火、水、木三大属性暴龙集合在一起，它们的武器竟然合体了，使亚烈面临全新的危机。
亚烈和帝古奥分别被六大暴龙的武器恶灵长剑和邪魂巨炮击中，解体回原来的六大铠甲兽龙。危机时刻，众人获得了十二星龙的武器，成功抵挡了六大暴龙的攻击。
千帆通过将六大暴龙的龙印混合，结合自己的肉体，终于成功研发了一只混合人类DNA的暴龙——千敌暗龙，并同时将分布在冒险境地的六大暴龙召回了阿莱达。
千敌暗龙诞生，要挟了狄古作为人质，并且打伤了阿迪，使阿莱达陷入一片腥风血雨之中。斗龙战士带着亚烈和帝古奥与千敌暗龙展开了一场激烈战斗。
千敌暗龙敌不过亚烈和帝古奥，通过吸收六大暴龙的力量，进化成终极千敌暗龙，同时获得了恶灵长剑和邪魂巨炮，使得亚烈和帝古奥都不是它的对手，阿莱达因此面临一场前所未有的危机。
千敌暗龙集合六大暴龙力量几乎所向披靡，十二星龙决定献出自己的力量给六大铠甲兽龙，使它们再次进化合体成亚烈和帝古奥，并获得了天御龙刃和圣罗龙盾，与千敌暗龙决一死战。在战斗最后时刻，昏迷的匹匹龙忽然清醒过来，体内储存和千帆之间的美好回忆唤醒了千敌暗龙体内千帆的记忆，使千帆恢复了人性。
六名斗龙战士完成了寻找龙印的任务，将斗龙手环和龙印之匙交给了各自的战斗拍档，带着对阿莱达和战斗拍档的依依不舍之情，乘坐时空垂直列车离开了阿莱达，返回了人类世界，开启全新的斗龙旅程。
白洛辰点了点头，看着手里的亚烈、帝古奥、千敌暗龙的战龙卡，回到了空间里！