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人类的世界惊现原始恐龙，阿莱达星兽基地被恐龙凶兽龙始祖入侵等等，这一桩桩怪事为何发生？答案竟和龙源纪的一道镇守令——龙的密令遗失相关！斗龙战士们将如何对抗这股来路不明的黑暗力量？他们将会面对怎样的重重磨难？人类世界能否回归和平？带着这一系列的疑问，斗龙战士们，开启新的旅程吧!
相传在恐龙消失之后，宇宙空间中遗留了八大恐龙空间，龙源纪是继斗龙世界、星龙圣域、以及古烈山之后，科学家发现的第四大恐龙空间，也就是恐龙起源地之一。然而几百年前龙源纪迎来一场浩劫，一道不为人知的指令藏在龙脉山峰，黑暗力量就此蔓延。人类的世界惊现原始恐龙，阿莱达星兽基地被恐龙凶兽龙始祖入侵。
恐龙凶兽龙始祖入侵的原因和龙源纪的一道镇守令，“龙的密令”遗失相关，只有拿到龙的密令才能恢复力量。阿迪、匹匹龙、卡维力和森美拉作为人质被劫持到龙源纪，关在龙号角岛。情况危急，凯风等人向太古教授求助，但太古教授也不知道龙的密令是什么，大家只得求助于斗龙战士。
卡维力和森美拉被带到龙号角岛、蓝天画和东方末先行赶去营救，对于东方末不顾团体的行为，小熠十分不满。随后，担任队长的小熠和伙伴们也启程前往龙源纪。小熠、凯风、百诺、子耀、狄古穿越时空，召唤升级后的宝贝龙，展开龙源纪冒险之旅。
斗龙战士们面对的敌人是黑化东方末和黑化蓝天画，联手六头怪龙对付小熠等人，卡维力和森美拉也被修改成暗属性成了反派。而另一边，阿迪和匹匹龙撒谎逃出魔掌，遭遇这里的恐龙。大家都不愿相信东方末和蓝天画要造反，东方末则称自己要重组斗龙团队，代替小熠的队长之位。
东方末和蓝天画与斗龙战士彻底决裂，凯风召唤进化版加比纳。现在雷古曼和加比纳都进化了，就在大家松了一口气时，东方末和蓝天画也召唤出进化版卡维力和森美拉，战局再次对斗龙战士们不利。在莱达星兽基地，太古教授复活十二星龙。雷古曼和加比纳惨遭秒杀，众人陷入危机。
凶兽龙劫持东方末和蓝天画，以及卡维力和森美拉，把他们直接丢在岛上。凶兽龙要东方末等人找回龙的密令，以帮他们成为最强的斗龙战士为交换条件。凶兽龙将恐龙令交给东方末和蓝天画，恐龙令能召唤凶兽龙，还能复活原始恐龙，拥有强大的黑暗能量。东方末等人服下毒龙芯，若是十四天内找不到龙的密令，他们就会毒发身亡。
东方末复活一匹原始恐龙后，把他们带回人类世界。东方末一众来到某处地下遗迹，用恐龙令的力量把这里改造成基地，随后便向圣龙学院出发。小熠等人在圣龙学院四处寻找作乱的原始恐龙，在天台遭遇自称“斗龙天团”的东方末一伙人。
斗龙战士与斗龙天团在学校天台比试，雷古曼和加比纳失足摔下教学楼，幸好加比纳的水柱把它们送回天台。卡维力进化成铠甲战龙，非要打败雷古曼它们不可。雷古曼和加比纳也进化成铠甲战龙，双方展开激战，东方末威胁小熠交出斗龙卡册。另一边的龙源纪世界，阿迪和匹匹龙打算挑战凶兽龙。
小熠的斗龙手环被没收，斗龙战士们准备先撤退，却被斗龙天团围住。东方末逼小熠交出斗龙卡册，小熠誓死不从。百诺要索里保护小熠，索里却被变身的森美拉擒住，斗龙战士失去了所有的战斗拍档，情况十分危急。最后在百诺的提醒下，小熠吹响斗龙号角，召回了斗龙手环。
东方末逃走，子耀和吉亚多与大家会合，并把遇到土剑龙的事告诉大家。土剑龙称已经有六只原始恐龙来到人类世界，但如今只有三只露面，为了找到剩下的恐龙，小熠和伙伴们决定去东方末家调查。在基地，东方末强行给原始恐龙注入黑暗能量，他究竟打算干什么？