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东方末要原始恐龙寻找龙的密令，为了从太古教授那里获取密令的新情报，他们首要的目标就是抓住小熠。小熠也在探测东方末的位置，却一无所获，太古教授和百诺猜测东方末用黑暗力量屏蔽了信号。深夜，斗龙战士们各自回家，小熠和雷古曼被火焰伶盗龙袭击。
雷古曼和小熠被群龙围攻，雷古曼寡不敌众，身中重伤却坚持保护小熠，最后不得已才回到了斗龙手环。小熠利用斗龙手环进行穿越，误打误撞来到了龙源纪，刚才和他对战的伶盗龙也一起被传送过来，小熠再次面临危险。阿迪和匹匹龙摔下瀑布，意外发现一处遗迹。
加比纳与土剑龙展开激战，加比纳过于轻敌，它的水球被土剑龙的沙球击回。加比纳决定采取近身战，但还是被土剑龙击败了，见状吉亚多进化铠甲战龙，与土剑龙比试。同为土属性的吉亚多很快击败了土剑龙，但没多久东方末就带着原始恐龙们现身了。在龙源纪，匹匹龙和阿迪又将有何发现？
蓝天画带着披风神翼龙计划袭击百诺和索里，披风神翼龙只顾着攻击百诺，完全没注意来往车辆，被撞了个正着。索里用恐龙呼吸救醒披风神翼龙，一直被孤立的披风神翼龙感动不已，它们成了好朋友。百诺要披风神翼龙带他们去东方末的基地，蓝天画带着森美拉拦住他们。
人类世界这边，卡维力变身黑暗重甲兽龙，夺走了披风神翼龙的能量卡在龙源纪的遗迹，阿迪遇到了神秘的老恐龙，阿迪要想离开这里，必须打败老恐龙才行。阿迪提出要和老恐龙比烤鱼，老恐龙听闻龙的密令丢失，又被阿迪感动，于是把双龙核和毒龙芯的解药给了它，要它去拯救恐龙世界。
在人类世界，雷吉兽龙的能量消耗完毕，小熠等人面临危机。在龙源纪，狄古也来到遗迹，找到匹匹龙，阿迪坐着双龙核归来。阿迪和匹匹龙服下毒龙芯的解药龙魂珠，众人离开遗迹，双龙核突然发出耀眼的龙魂之光，所有恐龙的恐惧都消失了。狄古带阿迪和匹匹龙回到阿莱达。
斗龙战士们被斗龙军团紧紧追击，情况越发危机。狄古、阿迪和匹匹龙回到阿莱达，见到了太古教授。太古教授对双龙核进行研究，他认为双龙核不仅是坐骑那么简单，应该是某个超级武器。千帆和十二星龙前往龙的世界收集密令的资料，至今未归。卡维力再次向雷古曼发起攻势，雷古曼能否逃过一劫？
凶兽龙召唤蓝天画，命令他们尽快寻找龙之密令和双龙核。卡森兽龙袭击雷古曼，凯风赶到救援，加比纳获得水象能量卡，也拥有了合体的能力。雷古曼和加比纳合体变成雷加兽龙，大战卡森兽龙。而另一边，索里用星之私语驱散闪亮三角龙的黑暗能量，闪亮三角龙把自己的能量卡交给索里以表感谢。
卡森兽龙的战斗力异常持久，雷吉和加索必须速战速决。战斗从晚上打到白天，雷吉和加索依旧不敌卡森，加索的力量消耗殆尽，就在卡森准备对加索痛下杀手时，阿迪坐着双龙核赶来救场，这下子阿迪成了众人的目标。
恢复神智的闪亮三角龙回到基地，救出其他原始恐龙。雷吉获得双龙核的力量实力大增，重新大战卡森，这次雷吉成功打败了卡森，东方末见状不妙躲入地底基地。原始恐龙们逃出魔掌，躲到圣龙学院，初次流浪的原始恐龙们能好好生存下去吗？
千帆和十二星龙终于抵达龙的世界，调查密令一事。他们遇到了乌鸦龙，乌鸦龙的行为鬼鬼祟祟，引起十二星龙的怀疑。东方末躲入地底基地，基地被战斗中砸落的建筑物封死，百诺怀疑东方末等人早已逃脱。大家在基地发现了古老的图案，只有集齐六大原始恐龙的属性才能打开基地大门。