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东方末和蓝天画逃至垃圾场，战斗告一段落。阿迪坐着双龙核赶回家吃饭，匹匹龙对阿迪嚣张的样子十分不满，两龙当街吵了起来。小熠与雷古曼在家吃饭，伶盗龙从窗口溜进小熠家，还吃光了雷古曼的鸡腿，小熠这才得知原始恐龙们都逃出了恐龙工厂。
原始恐龙们被东方末绑架，东方末要挟重甲龙和神翼龙夺走阿迪的双龙核。暗自跟着重甲龙的狄古把这件事告诉大家，自己的行踪却被重甲龙和神翼龙发现。狄古被神翼龙绑架，神翼龙威胁他交出双龙核。阿迪乘着双龙核追赶神翼龙，来到恐龙工厂附近，却中了重甲龙的陷阱……
双龙核被重甲龙夺走，狄古把这个消息告诉斗龙战士们，发动大家一起寻找。重甲龙把双龙核带给东方末，东方末不仅没放出原始恐龙们，还把神翼龙也囚禁起来。东方末想让卡森使用双龙核的力量，却被双龙核抵触，被双龙核发出龙魂之光，将东方末的藏身地告诉大家。
卡森和原始恐龙们被吸入黑洞，黑洞力量还在运行，雷古曼它们决定进黑洞救出卡森它们。就在此时，雷古曼它们被黑洞放出的能量打中，东方末企图用恐龙令救出卡维力，却反而被黑洞力量附身，成为更邪恶的存在，而被吸入黑洞的恐龙们竟然合体成了撒旦魔龙。
撒旦魔龙袭击城市，城里一片混乱，众人陷入世界末日的恐慌中。雷古曼和吉亚多围攻撒旦魔龙，但双方战斗力悬殊，它们的攻击毫无作用。雷古曼和吉亚多合体成雷吉兽龙，就算如此它们还是敌不过撒旦魔龙，小熠向伙伴们请求支援，只有双龙核的力量才能击败撒旦魔龙。
加索兽龙大战撒旦魔龙，尽管加索的攻击伤到了撒旦魔龙，但还是被打倒在地，再无战斗能力，只有依靠双龙核的力量。然而阿迪表现古怪，它不愿交出双龙核，还独自攻击撒旦魔龙，斗龙团队遇到了**烦。随后大家决定一起上阵，与撒旦魔龙拼个你死我活。
城市乌云密布，人们都跑去避难了，只有斗龙战士还在第一线。狄古带匹匹龙和阿迪回到实验室，狄古建议派出十二星龙支援斗龙战士，但十二星龙留在斗龙世界不回来了。千帆找到龙的密令，但装着龙的密令的盒子根本打不开，龙的密令究竟藏着什么秘密？
为了保护同伴小熠交出队长职位，东方末言而无信，还打算把小熠等人全部黑化。双龙核的光属性能量是撒旦魔龙的天敌，只要双龙核持续发出光芒，黑暗的能力就没法控制阿迪。千帆建议把龙的密令物归原主，好结束这场战斗，于是千帆带着龙的密令，和伙伴们前往人类世界。
小熠他们看到东方末和蓝天画被黑化的原因，这一切都是中原暗龙在斗龙号角上搞的鬼。小熠的斗龙手环被破坏，大家只好先带着东方末和蓝天画找雷吉会合。撒旦魔龙与加索还在战斗，加索体力不支战败。倒下的雷吉再次站了起来，在双龙核的力量下，雷吉终于击败了撒旦魔龙，密令的真相也终于显露。