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谜亚星发现复活石出现3道光芒，和什么有关？谜亚星和诺蓓儿有一个让暗黑大帝都害怕的魔法——灵魂夺取术。诺蓓儿告诉潼恩欧趴是阿诺假扮的。同时伪装成暗黑小兵，攻击阿诺。阿诺得到天诛鬼手，他会为诺蓓儿和谜亚星解开诅咒吗？
阿诺还是替谜亚星与诺蓓儿解开诅咒，谜亚星意外到来，他其实早已知道事实。阿诺威胁谜亚星交出灵魂夺取术，谜亚星被阿诺打伤昏迷。阿诺被萌骑士与雷普发现。众人合力抓捕阿诺，他想要逃跑，雷普攻击阿诺，临死前好像要指认雷普什么，还没等说出口就死了。难道雷普有什么隐瞒？他不会就是暗黑将军？真正的欧趴回来了，用复活石治疗了谜亚星，但复活石也吸收到了十之星能量。只差月之星能量。诺蓓儿看见了蘑朵下诅咒对付陶喜儿，艾瑞克用心灵钥匙证实了这一点，同时也发现有人想要雷普还给陶喜儿的项链。究竟是谁故意想控制蘑朵攻击陶喜儿呢？会是阿诺干的吗？还是另有其人？复活石即将开启。暗黑大帝即将复活。
长老会需要萌骑士护送复活石和诅咒石回长老会。月之星担起责任，但在萌学园内被暗黑武士绑架。他这是要做什么？复活石只差月之星能量。难道复活石会收集齐五星能量吗？雷普身体再次突发不适，似乎显现出暗黑图腾。难道他真的会是暗黑将军吗？与此同时蘑朵解开了陶喜儿的诅咒......
欧趴身体出现不适。恢复的陶喜儿回到萌学园，焰王担心陶喜儿的安全，劝她离开。艾瑞克发现潼恩没有离开萌学园。在暗黑巢穴中潼恩揭露了暗黑将军的真面目——他竟是雷普。雷普总是身体不适原来是被暗黑大帝下了暗黑噬魂咒。此咒只能由暗黑大帝解除，也是为此雷普一心让暗黑大帝复活。陶喜儿终于离开萌学园，校园里的同学也都离校。帕主任启动了萌学园防护网。可普利丝老师似乎还带着什么秘密任务，诅咒石怎么会在她的手上？
猴塞雷回到萌学园，说老兵大军已经回想起了事情经过，并带来长老会的密令。萌骑士发现潼恩在地下水道。雷普的卧底身份被识破，并抢去诅咒石。诅咒石与复活石结合，还吸收了陶喜儿项链里的能量。暗黑大帝只需一天一夜就可复活。普莉丝老师原来是长老会的特使，送给帕主任的披风原来藏有与暗黑族的作战地图。谜亚星、焰王和猴塞雷鬼鬼祟祟的来到地下水道救潼恩，谜亚星和焰王反被雷普抓住。萌骑士在考虑什么？猴塞雷一人能否救出潼恩？暗黑大帝即将复活，没有奈亚公主与索雷伊圣剑的萌学园该如何应对？
帕主任和大甜甜老师变身成焰王和谜亚星，让雷普抓住。误认为萌学园只有两位萌骑士的暗黑大帝下令占领萌学园。雷普和暗黑武士不料中了萌骑士的陷阱。潼恩逃出地下水道，帕主任和大甜甜老师要破坏复活石和诅咒石。暗黑大帝附身暗黑武士。暗黑大帝攻击潼恩，被雷普出手阻止，暗黑大帝重伤雷普。萌骑士五星合力与暗黑大帝战斗。重新成为奈亚公主的帝蒂娜强行传输萌学园，并带回索雷伊圣剑。五星与奈亚公主合力，再度打败暗黑大帝。帝蒂娜治愈了欧趴使用魔法时的不适。欧趴也治愈雷普，长老会也愿意再给雷普一次改过自新的机会。萌学园举行复学典礼，帝蒂娜却一人前往战情室.....萌学园再次获得和平。
艾瑞克向帕主任提议，将复活石借给卜快老师完成他时光机的发明。卜快老师希望用时光机找到夸克族最伟大的科学家、萌学园的创始人希丝娜女神。杰西希望找到达诺长老。陶喜儿想见到她妈妈。帕主任想让希丝娜女神帮他当校长。时光机开启，可惜实验失败了。但众人还是鼓励卜快，总有一日会成功。
白洛辰笑着离开萌学园，不过白洛辰看着剧情的结束，飞飞则通过签到的方式发放给了白洛辰萌骑士五星能量，以及奈亚公主帝蒂娜和蜜诺娃小芙蝶还有复活石和诅咒石
白洛辰开启时间静止，往潼恩、Dr.宜静、陶喜儿、蘑朵、诺蓓儿、狄蜜莉的身上送入奴隶符后，找到了萌学园5的时间线，进去后
往维多利亚、思若冰、茱莉叶、玛雅、蓓塔的身上送入奴隶符后，找到萌学园4的时间线，进去后
往泰咪、阿咪果的身上送入奴隶符后，进入了《萌学园：寻找盘古》的时间线里