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狩矢的真正目的竟是向尸魂界复仇，灵魂狩猎者的诞生是由于尸魂界的一次实验事故，异于常人的他们很怕被别人发现而四处逃避，死神们面对悲惨的他们非但没有负出该有的责任还想把他们从历史中抹去。即便知道这点一护还是不能原谅牺牲无辜的他们，使出卍解之后与狩矢势均力敌的战斗，而这时赶来的石田用自己恢复了的力量做出了大家意想不到的事情。
狩矢等人成功来到了尸魂界，当日番谷赶到流魂街时，现场只剩下被打败的大前田与射场。为了打败灵魂狩猎者，一护等人再次来到尸魂界，找到空鹤的住处后众人一起商议，从夜一的口中得诞生灵魂狩猎者的那次实验尸魂界并没有任何记录，而参与实验的兰岛就在流魂街的某处，一护等人各自前去寻找兰岛和灵魂狩猎者的踪迹。
正要赶回自己番队的露琪亚在流魂街上遇到了灵魂狩猎者，还没有恢复灵力的露琪亚自然处于劣势，只能在莉铃幻术的辅助下用鬼道和敌人战斗，虽然勉强打到敌人，但是对方还是靠着吸收尸魂界的灵子一次次的站了起来。与此同时，护廷十三队的会议上队长们接到了露琪亚正在战斗的消息，而一护等人也有所察觉，众人朝着流魂街赶去。
灵魂狩猎者竟然侵入瀞灵廷破坏了护廷十三队的象征忏罪宫，被约希砍伤的露琪亚在朽木府上接受治疗，一护请求白哉并肩作战但遭到了拒绝。狩矢等人在草鹿地区的赌场召集人马准备向尸魂界发动进攻，来到空鹤家的一护等人听到这个消息后立即起身前往草鹿地区，而在他们之前白哉已经找上了狩矢，一场激战即将开始。
白哉与狩矢的激斗一触即发，化为无数利刃的千本樱毫无死角的向狩矢袭来，而操纵风的狩矢也不甘示弱，两人展开凌厉的攻防，剧风卷起樱花场面十分激烈，在白哉千本樱、鬼道、斩击和瞬步的完美攻击下狩矢依然可以从容面对，在双方僵持不下时一道斩击打破了现状，一护也加入了战斗。另一方面，古贺为了招兵买马继续在草鹿赌场游说。
继一护之后白哉也使出卍解向狩矢攻去，但白哉丝毫没有与一护合作的打算，攻击中差点把一护卷了进去。这时酷似芳野的死神出现了，那就是诞生灵魂狩猎者的罪魁祸首兰岛，虽然兰岛的出现使众人都很吃惊，但战斗并没有停下，最终狩矢在古贺的掩护下成功撤离。战斗结束后，一护和赶到的石田从兰岛哪里知道了灵魂狩猎者历史的详情。
发现草鹿森林里有异动的日番谷，认为暴乱与灵魂狩猎者有关，便让乱菊通知恋次一起前往调查。而岩鹫为了帮助一护找上了“草鹿的布鲁”幸吉朗帮助他们一起对付暴乱的流氓，一护和石田从兰岛哪里了解完灵魂狩猎者详情后也赶往现场，当众人都到达后才发现草鹿森林里只有一之濑与少数的人，而狩矢他们带着主力部队已经开始进攻瀞灵廷。
一护和日番谷等人得知中计，便想立刻赶回瀞灵廷，却被一之濑的虹霞困住。就在这时，突然出现的强大灵压将虹霞的力量吹飞，更木剑八出现了，一之濑放弃牵制众人留下与更木战斗，一之濑在战斗中指责这剑八的过去，最终使出真正的力量将剑八笼罩在碎玉虹霞之中，就当一之濑认为打败剑八时，虹霞中爆发出强大的灵压。
狩矢利用在草鹿召集的人马成功打开了瀞灵廷的大门，在一护等人赶到时狩矢已把利用完后的人马连同器械一同推出门外。在兕丹坊的帮助下一护他们也紧跟着进入瀞灵廷，织姬留下照顾兕丹坊而一护等人在瀞灵廷内四处寻找灵魂狩猎者们的下落。护廷十三队的紧急会议结束后，队长们也开始了行动，而这时灵魂狩猎者们也在各处引起了不小的骚动。
碎蜂在部署刑军时遭到暗算以至中毒，吸收尸魂界高纯度灵子后马桥的娃娃利兹可以无限增殖，对碎蜂下手的便是遭到利兹控制的部下。由于利兹的大量出现尸魂界内不少死神都被控制，场面一片混乱。狛村与了解利兹能力的桧佐木带领手下控制局势，四番队也开始展开救助，就在碎蜂想要找出利兹的操纵者时马桥出现了，身中剧毒的碎蜂该如何应对？
瀞灵廷内控制保拉的泽渡与十二番队队长涅茧利展开激烈的战斗，好奇心极强的涅茧利当然不会放过眼前这个老头，一见面就想拖回去当实验材料，虽然在尸魂界提升力量的泽渡使涅茧利陷入苦战，但还是不敌“疋杀地藏”的威力仓惶逃走。涅茧利早已开发出探测对方灵力的仪器顺利找到泽渡，面对涅茧利的卍解“金色疋杀地藏”，泽渡决定孤注一掷。
石田引开正在四处攻击死神的约希，约希操纵的尼塔可以随意转换攻击和防御模式，而还无法很好控制力量的石田自然处于劣势，虽然在战斗中渐渐掌握节奏，但仍无法与约希匹敌。另一方面，狩矢前往技术开发局寻找原始的纹章“净界章”，那是用来封印引起实验事故的无尽能量的纹章，虽然一护和茶渡及时赶来阻止，但狩矢还是得到了这终极的力量。
石田和约希的战斗还在继续，面对约希的猛攻石田显得非常被动，虽然慢慢掌握了力量，但灭却师的道具又显得很不稳定几乎到了极限，这时石田回想起以前爷爷的教导，趁着约希切换模式的间隙发动攻击，最终反败为胜。另一方面，护廷十三队召开会议就狩矢获得净界章的力量而商量对策，古贺也开始反对狩矢的残暴并决定阻止他。
被狩矢所伤的古贺靠吸收灵子慢慢恢复过来，为了阻止狩矢的暴行，古贺尽量避面与死神的冲突。就在古贺前去阻止狩矢的途中，毫不知情的日番谷在藏人的帮助下挡在了古贺面前，冰轮丸的强力攻击下达鲁库化为碎片，古贺使出了真正的力量用化为战斧的达鲁库向日番谷冲去，最终败在“大红莲冰轮丸”之下。
一护等人带着受伤的石田到十番队队舍接受治疗，织姬也赶来汇合，经过苦战之后灵魂狩猎者只剩下了狩矢一人，护廷十三队思索着对付隐藏气息的狩矢，而众人也趁着这个时候休息。最先找到狩矢的兰岛，为了亲自了解这一切用鬼道枪向狩矢攻去，当她看到狩矢身上的纹章时回忆起了很久以前的事情。
狩矢也想起了自己的过去，年幼的他与大家一起建筑山洞并满心期待的等着死神们的援助，而等来的却是来自死神的迫害和流亡的生活，即便如此大多灵魂狩猎者还是没有放弃对尸魂界的向往，却又遭到了死神们的一次次抹杀，抱着这种仇恨狩矢决心要毁灭尸魂界。就在狩矢想给兰岛致命一击时石田出现了，可以灵活运用装备的石田爆发出强大的力量。
一护出现挡在了狩矢面前，立即使出卍解展开战斗。日番谷从兰岛口中得知，被狩矢吸收的“净界章”在瀞灵廷内还存在十多个，它们会随着狩矢体内的净界章一起爆炸，得知此事后瀞灵廷上下全部赶往各地重新封印净界章，而与狩矢的战斗只能交给一护。一之濑赶来阻止狩矢，认为复仇没有任何意义，但却遭到狩矢的无情攻击。
双殛之丘上，一护与狩矢的战斗激烈的进行着，召唤出娃娃魅莎的狩矢施展出强大的力量，但魅莎的力量远不止此，飓风摩擦空气从而产生电流，这才是魅莎真正的力量。虽然夜一与白哉赶到现场封住狩矢引爆净界章的攻击，瀞灵廷内也展开对净界章的封印，但狩矢体内的净界章马上准备就绪，一护能赶在这之前打败狩矢吗？
破碎的建筑正在修复，受伤的人们也接受着治疗，一切渐渐都步入正轨，灵魂狩猎者的历史也得到了瀞灵廷的认可。一护、露琪亚和恋次各自陷入沉思，回忆着过去的点点滴滴，而受伤的古贺被夜一救下送往兰岛的住处，一切准备就绪后众人准备返回现世。一护一直在想，从前的自己总是那么无力，自从认识露琪亚后一切才开始扭转。
回到现世后的众人生活渐渐恢复正常，而一护作为死神代理继续维护空座町的安全。这时一护的班里来了一位名叫平子真子的转校生，就在当天晚上一护消灭完虚后平子手持斩魄刀漂浮在一护的身后，平子是踏入虚的领域的死神，以“假面军势”自称，并邀请一护加入他们。与此同时，雨龙和进入一护身体里的魂都遭到与以往不同的虚的攻击。