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春水和浮竹秘密商谈着最近的异样，在队长会议上因为灵骸的渗入使得影狼佐掌握了主动，面对不利的证言即便有春水和浮竹的反对，总队长依旧下达了捉拿一护的命令。正当一护等人四处寻找独自出走的望实时异样的灵压出现了，由灵骸组成的逮捕队来到现世，死神们对此也早有准备，作为本尊的一角等人随即出现在他们面前，一场激烈的战斗即将展开。
前去迎战的一角等人竟然输给了冒充自己的灵骸，正当一护他们准备继续寻找望实时又出现了新的灵压，看来前来现世的灵骸并不只有他们。在乱菊解决掉吉良的灵骸后，露琪亚也遭到了自己灵骸的攻击，死神们和灵骸之间发生着激烈的冲突。与此同时，浮竹前往四十六室要求释放被捕的春水但遭到拒绝，卯之花队长也从这件事上看出了端倪。
织姬和茶渡赶往露琪亚等人所在的地方，当他们想要前去救治时却遭到了恋次灵骸的阻挠，而这时一护还在寻找望实的路上。尸魂界内，假冒春水和浮竹的灵骸前往总队长室，而调查出事情真相的卯之花队长也遭到了影狼佐的袭击。望实在魂的带领下前去深山中的神社，那里有着自然形成的穿界门，为了不让影狼佐的野心得逞她想要把自己永远的关在里面。
为了夺回瀞灵廷，在现世的队长们开始了行动，在浦原的协助下白哉、剑八、狛村和日番谷四位队长冒着危险强行突破断界，但这全在影狼佐的算计之中，靠着狛村的掩护其他三位队长成功回到尸魂界。回到尸魂界的剑八立即找上自己的灵骸与之战斗，元柳斋总队长依然没有从缠斗中脱身，而逼近影狼佐的卯之花队长也遇到了危险。
影狼佐也取得了卯之花的灵子，面对自己的灵骸与影狼佐的逼迫卯之花陷入不利的境界，为了保全大局卯之花队长选择了逃离。与元柳斋战斗的灵骸采取拖延战术，直到卯之花的灵骸出现，面对三名队长的灵骸等待着元柳斋的将会是一场苦战。回到现世的白哉被日番谷的灵骸挡住了去路，虽然只是灵骸但也有着自己的荣誉，两人怀着各自的信念展开了战斗。
刚刚结束战斗，受到重伤的白哉又被自己的灵骸拦住了去路，同样经过激战的剑八也遭到了碎蜂灵骸的伏击，各地的战斗都在进行着。浦原探测到，回到尸魂界的队长们都还没有到达影狼佐的身边，而通过断界的一护到达尸魂界的地点竟有了偏差。赶去打倒影狼佐的日番谷遇到了雏森的灵骸，即便知道是灵骸日番谷也不忍下手，这便是影狼佐针对他的恶毒诡计。
因为影狼佐做出的手脚，一护到达尸魂界的地点有了偏差，在那里等待着的影狼佐准备抹杀掉存在不确定因素的一护。赶回尸魂界的各位队长都陷入苦战，没有一人可以到达影狼佐的身边，与三名队长级灵骸缠斗的总队长也难以脱身。当浦原推断出一护被拘突所吞噬后望实陷入自责，但是织姬等人让她打起了精神，因为被大家信赖着的一护绝不会就此丧命。
确认到达尸魂界的一护却又消失在断界之中，这些让众人对影狼佐的能力非常不解，而他想要掳走的望实到底又隐藏着什么秘密。最先找到影狼佐的是日番谷与剑八，虽然两人合力猛攻，但是影狼佐可以操纵空间的能力还是让他们陷入苦战，不管是日番谷的攻击还是剑八的斩击都能全部复原，就在两人陷入绝境的时候，为了打倒影狼佐的队长们悉数到来。
让影狼佐没有想到的是涅茧利早已与冒牌的灵骸调换，没有防备的他被疋杀地藏贯穿身体，同时还中了让人思考停滞的毒药，战局开始逆转。醒来的一护已经回到浦原商店，他依然不清楚是谁把他从拘突中救出，浦原说出了影狼佐的秘密，表面上研究断界的他实则是为了寻找断界中改造魂魄的资料，他便是改造魂魄的制造者，而望实则是他制造的第一个改造魂魄。
望实在一护家中暂时住了下来，尸魂界里迎战影狼佐的队长们失去了音信，而防范现世突然增加的虚和影狼佐侵军的任务却迫在眉睫。知晓望实是改造魂魄的魂不知道该如何面对，一护为了让魂打起精神而在家中设下宴会，听到恋次他们提出要对自己采取追踪的望实独自离开，遭到虚的攻击时又被魂唤起了活下去的信念，为了保护大家望实的斩魄刀出现了。
影狼佐已经做出了进军现世的准备，迎战的队长们音信全无，而总队长的伤势也需要恢复的时间，在现世的副队长们紧急召开了作战会议。在会议上望实认为自己的斩魄刀可以克制影狼佐的能力主动请战，她的一再坚持终于打动了众人，在一护等人的陪同下开始了唤醒斩破刀始解的特训，看到努力的望实一角也渐渐改变了心意，在众人的帮助下望实终于觉醒了力量。
虽然望实终于得到了始解“退红时雨”，但是正在战斗中的众人依旧不想让她出手，作为守护对象的她所听到的无非都是让她退到安全的地方。一心想要保护大家的望实再也按耐不住，挡在日番谷灵骸面前的她运用“退红时雨”爆发出强大的力量，“退红时雨”是可以吸收对方力量再悉数奉还的斩魄刀，石田借此想到了可以击退敌人的办法。
望实聚集众人力量的强力攻击还是没能完全打败前来现世的灵骸，赶来收拾残局的是元柳斋总队长，正当一护为望实辩解时新的敌人出现了。被多重鬼道束缚住的元柳斋爆发出惊人的力量，这股力量差点波及到望实，难道他真的想要把身为改造魂魄的望实一起抹杀？三名队长级的灵骸依然不能打败元柳斋，明白到这些的影狼佐准备亲自出阵。
元柳斋面对的是吸收了流刃若火与月牙天冲双重力量的莱空，而挡在他面前的是紧握着退红时雨的望实，强大的力量席卷而来，退红时雨也因无法承受而被折断，看到这些的元柳斋挺身相救。元柳斋身负重伤，而灵压所剩无几的众人也被打败，这时影狼佐说出了令人吃惊的真相，他与望实是由同一个灵子衍生出来的，逃避他的望实是为了保护与一护等人重要的羁绊。
透支使用力量的一护已经完全失去了灵力，能够迎战的死神们也都伤痕累累，而影狼佐已经开始了与望实融合的准备。通过一护的回忆浦原找出了能够让他恢复灵力的方法，袭击过一护的拘突里面会残存他的灵子，只要收集到这些灵子便可以反用影狼佐的灵骸技术恢复一护的灵力，就在一护收集灵子的过程中发现了潜伏在断界内的另一个自己。
收集到灵子的下一步便是闯入技术开发局，利用那里的设备恢复一护的灵力，恋次等人作为诱饵通过穿界门引开灵骸，而魂、一护与浦原则从另外的道路侵入。成功侵入技术开发局后浦原优先恢复一护的力量，但灵力恢复后的一护却发生了异变，因为灵力的不稳定一护体内虚的力量随时会暴走，即便如此一护想要救出望实的决心也丝毫没有改变。
灵骸们拦住了一护与浦原的去路，就在危急时刻之前消失的各位队长悉数到来，不由分说展开了反击。与浦原先行离开的一护控制不住体内虚的力量，为了防止暴走而被单独禁锢在安全的地方，浦原与魂则去调查事情的真相，通过对各方面资料的推断，浦原认定影狼佐与望实本是同体的改造魂魄，虽然历尽艰辛找到了改造魂魄的开发者，但他已经无法再恢复意识。
虽然改造魂魄的开发者没有了意识，但浦原还是找到了线索，根据影狼佐留下的血渍浦原检测到了研究室的所在。与此同时，众队长与灵骸们的战斗还在继续，力量加强后的灵骸让众队长陷入了苦战。前往研究室的浦原遇到了自己的灵骸，无奈之下只能让魂独自前去，魂依照望实的指导做着繁杂的操作，但他没有意识到身后的危险。
铁斋探测到尸魂界内众队长的出现，认为这是进攻的大好时机，现世的副队长们立即赶回尸魂界支援自己的队长。就在完全融合望实后的影狼佐逼近一护时，露琪亚与石田等人及时赶到，融合后的影狼佐实力非同一般，莱空与退红时雨的能力融合后造就了名为墨月晕的斩魄刀，面对想要摧毁尸魂界的影狼佐，露琪亚等人靠着同伴间的羁绊一起与他抗衡。
被墨月晕刺中的一护与影狼佐的意识产生了共鸣，感受到望实的一护虽然抑制了虚化，但再次失去了所有的灵力。对于一护他们口中的同伴，影狼佐显得非常不屑，连同众人合力使出的破芒阵也以失败告终，就在危急时刻由魂混入的灵骸趁影狼佐不备恢复了一护的灵力，众队长也为了保护尸魂界而紧紧的团结在一起，他们要用同伴间的羁绊来打败影狼佐。
再次恢复灵力的一护给予了影狼佐全力一击，但是受到重创的影狼佐并没有放弃，使出了最后的手段想要毁灭尸魂界。尸魂界内的灵子集聚一处，强大的灵压撼动着大地，为了保护尸魂界挺身而出的竟然是灵骸们，虽然做法不同他们也有自己的荣誉。一切都结束了，影狼佐最后的手段也没能成功，众人目送着脱离了影狼佐的望实消失在微风之中。
战斗结束后一切都恢复了平和，与往常一样过着高中生的生活，与往常一样从虚的手里保护整个城市，唯一不协调的是一护那快速流失的灵力。一护对这些怎么会不了解，刚刚与同伴们在滑冰场度过了温馨的时光，一护又迎来了与虚的战斗，在露琪亚的协助下一护倾注了全部的灵力，这可能是他最后一次消灭虚，完全失去灵力的他将再也看不到昔日的同伴。
与蓝染的战斗已经是一年前的事情，一护已经升到了高三，夏梨与游子也成为了初中生。在一护完全失去灵力之后石田接起了退治虚的工作，露琪亚再也没有来过空座町，唯一可以证明他曾为死神的只剩下代理证与为了胜利而锻炼出的身体。虽然从前便很向往平凡的生活，但在真正失去力量之后心情却变得异常复杂，而在他不知道的地方新一轮的战斗即将开始。
因为一护的缘故，空座町第一高中的门口围满了前来闹事的不良少年，作为学生会会长的石田出面却让事情变得更加棘手。刚刚解决完眼前的闹剧，一护又被他打工的万事屋店长硬拽了回去，正当一护对店长的绑架行为感到不满时，前几天遇到的银城空吾端着拉面走了进来，而他要求万事屋帮忙调查的人竟然是一护的父亲黑崎一心。
得知石田遇袭之后一护与织姬立即赶往医院，但石田却不想提及被袭一事，石田的父亲也只对织姬说出了此事的一些线索，一护虽然非常担心但也知道这时的自己已经无能为力，被袭击的不只是石田，连启吾与水色也遇到了生命危险。看着身边同伴们所受到的伤害，一护再也按耐不住，为了保护同伴与家人，他拨通了银城空吾留下的电话。
在一护不知道的地方同伴们陆续受到伤害，而知道茶渡消失后他更急于找到银城空吾，来到x-cution后银城向他展示了“完现术”，而令一护更为吃惊的是茶渡也在这里。完现术能力者们都是在出生前因为父母遭到虚的攻击而获得的力量，但他们厌恶自己的力量，能够接纳他们的力量进而使他们变为常人的只有恢复了死神之力的一护。
一护来到x-cution的目的只是为了查找同伴们受到伤害的线索，并没有取回死神之力的意思，不管是x-cution成员的努力拉拢，还是茶渡亲自前去劝说，一护都没有夺回死神力量的想法，虽然对于同伴们所受到的伤害束手无策，虽然不忍心将退治虚的任务交给织姬他们，但是他已经接受了这一切。而令他没有想到的是，危险已经迫近了他的家人。
为了获得保护同伴的力量，一护终于有了当回死神的觉悟。在x-cution里一护开始了取回死神之力的训练，而他的训练场地竟然是莉露卡手中的娃娃屋，通过莉露卡的完现术一护进入娃娃屋内与“猪肉先生”开始了战斗，想要取回死神之力的他必须先学会完现术，一护回想着银城的话语和茶渡的提示，作为完现术的重要物品他的死神代理证终于有了变化。
一护终于完成了在娃娃屋中的训练，学会完现术的一护隐约听到了代理证内传出露琪亚的声音。与此同时，每日都去茶渡那里送卖剩下面包的织姬遇到了危险，想要袭击织姬的狮子河原看到面前可爱的面孔后丧失了战意，得知狮子河源与石田的被袭有所关联后织姬脸色大变，正当双方剑拔弩张时月岛出现了，他便是袭击石田的罪魁祸首。
触碰到织姬送来的面包后茶渡感受到了危险的信息，一护与茶渡立即赶往织姬的住处。明明被月岛砍到的织姬却没有受到伤害，面对一护的询问织姬依然选择隐瞒，了解到织姬用意的茶渡也避而不谈。在银城口中一护知道了事情的真相，袭击石田与织姬的月岛原本是他们的首领，不知因何目的杀死了之前的死神代理，随着一护的出现他又开始了行动。