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天晶兽、太虚兽、小太虚、神农兽、十方明亮、惊邪、凤皇、神舞都失去了善性，反过来袭击问天等人，问天岂是对手？形势十分凶险……
天地盟主及虎魄哈哈大笑，表示根本毋需亲自出手，亦可以坐视众人的灭亡，只要除去问天这颗眼中钉，玉皇国便永远是属于天地盟主的国度，到时候所有人类和动物便要活在水深火热之中。
被囚禁的女娲传人玉皇国元首通过心灵沟通，以念力说话，要问天他们相信自己跟神兵兽的友情，只要触动其心灵，情的力量便一定可以让他们恢复正常。
于是问天等人努力唤醒众神兵兽，提起路途上的种种冒险经过、苦乐回忆……由天晶兽开始，一群神兵兽都忆起了跟小主人们真挚、深厚的友情，最终一一恢复了本性。
天地盟主和虎魄大惊，由始至终，原来他们都忽略了人世间最伟大的力量──情！慌乱中，天地盟主要以恨与暴力决胜，被迫出手，虎魄变身魔兵，非常厉害，令问天陷入苦战……
不过，最终所有同伴和神兵兽都献出力量，问天感受到团结之力，天晶变化成团结天晶，成功赶走了天地盟主和虎魄﹗临走，不甘心的天地盟主警告将以更邪恶、更强大的力量回归！！盟主衣衫碎烂，狼狈不堪。
众人救出了玉皇国元首，玉皇国所有被虎魄影响的神兽亦恢复善良本性，跟世人和平共处，美好幸福的生活再度降临。
问天等人得到玉皇国元首的感谢，与及玉皇国四大地域所有人民的欢呼，场面浩瀚壮大，问天、阿孝、铁心、问雅、北冥雪与众可爱的神兵兽们更被称为——「神兵小英雄」！
神兵小将一行人，将天地盟主打倒之后，天地盟主回到原始天魔的身边，但是，原始天魔找到了新的傀儡——玄天邪帝，他的蜘蛛王比虎魄厉害的多。天地盟主被玄天邪帝杀死，玄天邪帝打算进攻玉龙国的姊妹国——玉岛国，于是他出发了。与此同时，神兵小将们正在过着安逸的生活。南宫城城主南宫逸来到了元首宫。原来女元首是问天妈妈的姐姐！而且他的妈妈并没有死，而是在玉龙国的姊妹国——玉岛国当元首呢！在玉岛国，玄天邪帝的超级魔兽军团来了。玉岛国的神兽巨龙出马，但是很快被玄天邪帝魔化了。超级魔兽军团很快攻下了玉岛国元首宫，但是玉岛国元首玉燕派灵剑双子向她的丈夫南宫逸求救以后，就与她的护卫宗主逃出了元首宫，开始了逃亡生涯。玉龙国元首宫，女元首与南宫逸还在想念玉燕，还打算等问天问雅长大一些再告诉他们。南宫城，问天、天晶兽和玉灵龙正在给问雅过生日，他们都睡着了，但问雅在想念妈妈。然后，来了一架飞船，问雅跳上了船，问天、天晶兽和玉灵龙为了救问雅也跳上了飞船。飞船飞到了一个陌生的地方，看到了一个问天问雅妈妈的雕像。雕像上站了一个人，他们乘坐飞船救了他。他把事情告诉了他们。忽然，蹦出来一个玄天邪帝部下——毒王子古柔。问天和天晶兽变身变身，使用寒冰破，但被蝶粉飞蛾的攻击抵消了。问天很是惊讶。
南宫逸述职完毕，正准备返回南宫城时，巨灵龙专用的信鸽神兽飞来，告知了南宫问天、南宫问雅、玉灵龙和天晶兽失踪的消息，玉龙国元首玉凤通过水晶球找到他们的下落，得知问天等人处境十分危险，南宫逸以及其他神兵小将连夜出发，但飞行速度最快的西门区域的太虚兽一路也要三天，而同样飞行前往的北冥雪地的十方明亮一路、巨灵龙一路以及走水路的东方雄一路则需要更长的时间，孤军作战的问天和问雅能坚持那么长时间吗？玉岛国，问天与毒王子古柔艰难战斗就在危急关头，三道速度极快的光芒出现，两个女孩和一只神兵兽出现，其中的神兵兽子剑兽变身天晶子剑与天晶兽发出代表亲情的天晶双龙啸击败了毒王子古柔，问雅净化蝶粉飞蛾失败，两个女孩拿出绿珠护腕帮助问雅的净化之力变为进化之力，成功净化蝶粉飞蛾。
两天过去了，各路前往支援的人员都在快速前往玉岛国支援，而速度最快的太虚兽一路在第二天就将抵达。问天等人乘坐的女娲星船还在飞行，问天等人突然闻到一股浓烈的蜜糖味，不想却是邪帝的部下甜蜜蜜将军喜欢吃蜜糖，魔化了蜂蜜镇里的蜜蜂，强迫村里的人为他做苦工，一场斗智斗勇即将开始。甜蜜蜜将军与众人玩起了捉迷藏，因为嘴里的气味被玉灵龙闻到而找到甜蜜蜜将军，甜蜜蜜将军却又反悔派蜜蜂蛰问天等人，最后被天晶双龙啸击败，蜜蜂亦被问雅净化，临走前得知二女的身份—可爱神兽的保护者-灵剑双子。
太虚兽一路经过三天的奔波，终于进入玉岛国境内，却因西门孝捂住太虚兽的眼睛而被迫降落，恰好错过女娲星船。此时，问天来到粉蝶村附近，与狂风将军展开激战，问天被卷入龙卷风，危急之时太虚兽赶到救下问天，灵剑双子再次出现，击败狂风将军。
白洛辰带着肥蛟龙出现在他们的面前，白洛辰看着问天说道：“来吧！直接解决掉它吧！嘻嘻嘻嘻嘻！！！”
黑化肥蛟龙跟问天他们打了起来，虽然最后还是被净化了
白洛辰笑着看着南宫问天说道：“你干的不错啊！！！哈哈哈哈哈哈哈哈哈！！！！！！”