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白洛辰开启世界时间静止，分别奴役了东方铁心、南宫问雅、北冥雪、玉凤、东方雄、梦灵、阿莎、玉燕、玄天帝姬及其所有神兵兽！
随后便来到了《神兵小将2》的剧情
女娲大神为了造福苍生而创造的神兵兽，在新一辑故事中再次面临挑战！黑暗势力元始天魔千方百计将神兵小将和神兽引领到神秘岛国——「山外山」；天魔希望利用神兵小将的纯洁和正义，获得「山外山」五大守护圣兽的信任，将其圣洁的力量交予问天和天晶兽；然后再指使大坏蛋——无敌盟主看准时机，从他们身上夺取圣兽的力量以解除封印，美丽的宇宙随即陷入被毁灭的恐慌之中
在「山外山」旅程后，「神兽之乡」的旅程又拉开帷幕。问天等人来到神兽学校修炼，居然卷入了一场布偶战争之中——布偶王子想让所有神兽变成木偶！可是经过详细的调查，发现外表邪恶来自于布偶乐园的布偶王子，竟是宽容与纯真的兄弟！幕后主使的坏蛋三兄弟和盖世太保（把宽容等人的三兄弟分散的邪恶神兽）在布偶王子背叛他们后趁机绑架布偶王子！他们一行人又怎么克服此次困难呢？
一阵飓风之后，问天和他的朋友们来到了一个没有任何记载的地方——山外山。这里如世外桃源一般奇妙，而每样物品，甚至大名鼎鼎的凶阎王，都可以变成一枚枚徽章。
南宫问天等人不小心在山外山释放了徽章内的凶阎王，众人与凶阎王以及邪恶的徽章王展开战斗，关键时刻出现一位神秘帮手——燕侠。
众人准备寻找城镇交换一些有用的小徽章，顺便寻找变成徽章的天晶兽。但是他们好不容易来到金银岛，找到能够交换的地方，却被告知只能交换水和面包，问天的护腕还差点被骗走。
徽章王将骗子将军的邪恶本性无限激发，变成了邪恶狡诈的狐狸骗子将军。燕侠及时出现，送了南宫问天和南宫问雅紫玉护腕和项链。众人打败狐狸骗子将军后，乘着龙舟继续前进，却遇到了病毒烟雾。
问天与大山贼展开争斗，但是问天想到在医馆打斗会打扰中毒的伙伴休息，于是准备引开山贼，保护医馆。他谎称外面有月艾草，山贼信以为真，也跟了出去。
岛主千金刚刚买了一个徽章却被问天追上，问天希望她能将这枚徽章给他，因为里面被困的是自己的天晶兽，但是岛主千金却拒绝了。岛主千金的马车不久就遇到危险，被魔化的乌鸦攻击，情况危急。关键时刻，天晶兽解锁，和问天合体，解救了大家。
问天在大山寨苦战，徽章王和大山贼找到了第一圣兽白月蟾蜍，希望夺取它的力量。关键时刻问天赶到，解救了白月蟾蜍。
南宫问天向拳王将军挑战，拳王将军称如果南宫问天可以打败自己，就能获得拳王金腰带，南宫问雅发现腰带上有北冥雪的勋章。南宫问天成功击败拳王将军，夺回了北冥雪的勋章。
神兵小将们这次遇到了冰球将军，北冥雪击败了冰球将军，成功关闭了喷雪机。
神兵小将们这次遇到了骑师将军，南宫问天和天晶兽一起参加并赢得了比赛，成功击败了骑师将军。
神兵小将们在山上遇到了山猫魔兽，山猫魔兽一心想要找到神兽，为了阻止山猫魔兽，南宫问天与他展开了战斗。
神兵小将们在山上遇到了噪音将军，南宫问天成功打败了噪音将军，并揭开了徽章王的阴谋。
神兵小将们登上了希望号列车，大家在车上都很兴奋，在途中他们遇到了雷雨将军，南宫问天击败了雷雨将军保障了希望号列车的通行。
东方铁心带走了天晶兽，希望号列车也出了故障，大家分头搜索，没想到东方铁心是变色龙将军变的，幸而南宫问天及时救出了天晶兽并打败了变色龙将军。
万人迷王子的生日派对上，南宫问天等人先后表演了精彩节目，但是都得到了零分，西门孝上台摔倒，却没想到得到了15分。万人迷王子为报仇，与南宫问天等人大战，现场一片狼藉。