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出现在上条面前的红衣修女名为米夏·克洛伊洁芙，所属单位是俄罗斯成教的“歼灭白书”。她之所以来到日本，是为了要寻找造成世界异象的大规模魔法“天使坠落”的源头。在同一时间，英国清教“必要之恶教会”的两名魔法师也现身了，而且其中一人是上条的同学土御门。
如果要阻止大规模魔法“天使坠落”，就必须打倒术者或是破坏仪式现场。由于米夏出现一些可疑的行动，上条与土御门推测她就是术者，连忙追着她前往上条家。先行一步抵达上条家的两人，在家里看见刀夜的照片，赫然发现刀夜的外表并没有被替换，但是只有术者不会受到魔法的影响。
暑假的最后一天，上条面对空白的暑假作业陷入苦战。另一方面，御坂美琴则是过着一如往常的生活。在照例出门要到便利商店看免费漫画的时候，一名男性在学校宿舍的门口等待著她。这名男性名为海原光贵，是常盤台中学理事长的儿子，最近老是缠着美琴不放。不想和这个人打交道的美琴，逮到凑巧路过的上条，要上条在今天假扮成她的男朋友逼海原死心。
自从“绝对能力进化计划”失败──“一方通行”败给上条之后，每天都遭受到不良少年的袭击。某天，一方通行在买完东西回家的途中，出现一名披著破布的少女。她是“妹妹们”之一，编号20001的“最后之作”。她表示因为实验中止，自己的身体停留在成长途中的阶段，却没办法与研究员取得连络，就这么擅自跟着一方通行回到家里。
“最后之作”是负责统管“御坂网路”的个体。一方通行前往“绝对能力进化计画”的研究员芳川桔梗面前，希望把“最后之作”还给研究所，然而芳川却说出“最后之作”目前面临的危机。由于她的脑中被写入某个命令，“妹妹们”将会在九月一日的凌晨失控，而且她已经被天井亚雄带走了。
上条的漫长暑假终于结束，新的学期就此开始，寄住在小萌老师家的姬神秋沙，以转学生的身分进入上条的班级。另一方面，负责看家的茵蒂克丝，察觉到上条没为她准备午餐的事实而来到学校，却被小萌老师赶了出去，即使因为迷路而进入食堂，茵蒂克丝也因为不会买食堂的餐券。后来一名神秘少女──风斩冰华出现在她的面前。
放学之后，上条、茵蒂克丝与风斩一起前往地下街。三人一起吃饭一起玩，茵蒂克丝与风斩还换上《魔法少女加奈美》的衣服拍照，可说是玩得相当开心，不过担任风纪委员的少女却叫住了他们，表示由于要逮捕入侵学园都市的恐怖份子，地下街即将暂时封锁。三人依照指示移动的时候，发现墙壁上居然有一颗眼睛。
地下街陷入混乱的局面。与上条分头行动的风斩，遇见了潜入学园都市的魔法师雪莉．克伦威尔召唤的石巨人。在千钧一发之际，从小萌老师口中得知风斩秘密的上条赶来了。虽然风斩认为自己不应该与茵蒂克丝在一起，但上条表示“我只是来拯救朋友而已”，并且与警卫们同心协力对付石巨人。
没能打倒上条与风斩的雪莉，将目标改成了茵蒂克丝，上条与风斩则是各自展开保护茵蒂克丝的行动。在地下铁隧道与雪莉对峙的上条，从雪莉的口中得知她战斗的理由之后提出反驳，然而上条的论点却激怒雪莉，使得上条陷入被土石活埋的危机。