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伊豆的海里冒出了一个圆盘，接着一个可怕的宇宙人走上岸……海边的房子里，安奴正在参加好友由利子的生日聚会，她送给由利子一个胸针作为礼物。忽然外面传来小狗twin的叫声，而且越叫越急，安奴和由利子出去查看却不见小狗twin。她俩分头寻找，由利子发现地上有一滩血迹，突然一个怪物出现在她面前，由利子大叫。听到叫喊声的安奴急忙赶来，由利子已经不见了。海滩上有一串硕大的脚印，安奴循着脚印找到了她先前送给由利子的胸针。安奴立刻向天空发射了一颗照明弹，在照明弹的照射下，安奴看到了圆盘正沉入海里，她马上通知总部。赶到的桐山队长等人对沙滩上的脚印进行分析，推测袭击由利子的“人”有2米高。猎犬号对海面做了全面巡查，也没有异常。回到总部，从以往的资料中查到，类似事件在世界各地都有发生过。过了几天，正在巡逻的古桥报告发现了由利子，队员们把昏迷不醒的由利子送去了基地的医疗中心。团发现由利子的右臂内侧有一块像孢子一样的东西。医疗中心的大夫从由利子的手臂上取下一些做培养，对由利子的病情必须等到培养结果出来以后才能定论。安奴留下照顾看护由利子，由利子突然大叫起来，还不停地打滚，安奴上去时却见由利子的身体变成透明的绿色，安奴大惊。不知什么时候，旁边出现了布拉科星人，他向安奴扑来，安奴惊叫起来。路过门口的团闻讯进来和布拉科星人搏斗，结果被布拉科星人掐住了脖子，亏了桐山队长及时从背后将布拉科星人击毙。回过头来再看安奴，倒在地上的安奴也变成了透明的绿色。为了了解由利子和安奴的病因，大夫解剖了布拉科星人，从布拉科星人的胃里发现大量还未被消化的孢子。真相明了了，那孢子时布拉科星人的食物，而女性的身体非常适合孢子的生长，所以布拉科星人非但攻击女性，而且还把由利子放回来，目的就是要让孢子扩散。由于孢子会在空气中传播，由利子和安奴被严密地隔离。团问起如何才能救她们，大夫摇着头告诉他，地球上没有可以医治她们的方法，除非有放射性α73，但这是只有在土星的矿石才有的放射线。用奥特飞鹰前往土星最快也要3天，而安奴她们的生命只剩下不到15个小时了。团一言不发地望着太阳系的示意图，通讯器里传来古桥等人的请求支援的消息。驾驶飞鹰1号在外巡逻的古桥等人发现有大量圆盘从海里飞出，在天空中集结。由于数量太多，无法应付，只得向基地求援，团驾驶飞鹰3号赶去了。团心急如焚，一心想赶快消灭敌人，他不顾一切地冲进圆盘的阵营，但是被击中，奥特飞鹰3号坠毁了。爆炸中飞出了赛文，圆盘发出电磁网将他缚住动弹不得。桐山队长告诉古桥，赛文是帮助他们去土星去矿石救安奴的。飞鹰1号冲过去破坏圆盘的阵形，使得赛文得以脱身飞往土星。圆盘消灭了，有了土星矿石，安奴和由利子也得救了，可是团在哪儿呢？天成和索加遍寻不着。这时团正躲在一个地方，兴致盎然地画着九大行星。
一条偏僻的街道上，一个男人没命地跑着，身后一辆卡车正在追赶他。这个男人并没有做过什么坏事，为什么会有人要杀他呢？躲过了卡车的追杀，这个男人惊魂未定地走到马路中央，差点被巡逻到此的猎犬号撞到，幸好猎犬号刹车及时没有碰到他。车上下来的是桐山队长和古桥，这个男人一看是奥特警备队，连忙说：“有人要杀我，救命……丸三仓库……要爆炸……”这时先前的卡车又开回来，桐山和古桥抱着那个人扑向一边，从车上飞出一支飞标，正中那人的大腿。猎犬号马上追上去，但是等追上时却发现车上空无一人。桐山队长把那人带回基地治疗。原来那人叫安井，是靠占卜为生的。他告诉众人，丸三仓库会爆炸，队长也会受伤，所以要格外小心注意安全。他的话被古桥打断，众人表示不相信他的话。但是桐山队长却下令对丸三仓库进行全面彻底的搜查，因为丸三仓库不是普通的仓库，在仓库的地下有地球防卫军的超武器开发基地，那里是地球防卫军的动脉。全面搜查的结果仍没有发现任何异常的情况，众人纷纷埋怨安井胡说八道。安井却又说出了一个预言：有圆盘降落在富士见原。众人认为这又是安井的无稽之谈，桐山队长再次下令调查，结果还是一无所获，连真波参谋也对队长的较真感到不可思议。众人请安井回去，安井苦苦哀求，请他们不要赶他走，因为有人要杀他。而且他预言的一切都是真的，今天没有发生，只要寻找明天，明天会发生的。桐山队长向他保证，奥特警备队会保护他的安全。无奈之下，安井只能离开警备队基地，但是他还是不敢回家，一个人在路上游荡。他发现一个女孩蜷在墙角哭泣，安井上前去，那女孩抬起头，却是一张宇宙人的脸。安井惊叫着跑开，他看到路边有一家便利店，于是跑了进去，没想到店主也是宇宙人。安井又跑了出来，招手上了一辆出租车，结果司机还是宇宙人，安井再也支持不住，昏倒了。这里，桐山队长向参谋提出休假一天的请求，他想再去调查。真波参谋只好同意，又给了他一把枪，嘱咐他小心安全。团结束了为期一周的例行检查回到基地，问起队长，大家把事情的来龙去脉告诉了他。团拿起头盔往外走，众人问他去哪儿，他笑着说：“去找队长。”此时桐山队长在丸三仓库附近毫无头绪地查找，忽然发现身后又黑影，原来是团，两人相视一笑。正准备离开时，天上飞来三个火球，丸三仓库爆炸了，桐山队长也在爆炸中受了伤。众人终于相信了安井的预言，向富士见原出发寻找宇宙人的基地。通过天成开发的特殊武器，他们发现了隐形的基地入口。此时在宇宙人的基地里，安井被绑在床上，头上安着头箍。夏德星人告诉安井，由于他的预知能力破坏了他们的计划，所以要杀他，除非安井按他们的话做。进入基地的天成和团一连击毙几个夏德星人，正要往前，基地开始摇晃，天成被震昏了。团乘机变身为赛文，把圆盘击倒在地。夏德星人求饶，却又放出了怪兽加布拉。没有几个回合加布拉的脑袋就被赛文的头标砍下了。夏德星人再次求饶并放出了安井，可是乘赛文救安井时指挥加布拉的脑袋进行攻击，赛文的肩膀被布加拉的头死死咬住，而且加布拉的唾液有毒。安井提醒赛文，那个圆盘在控制怪兽的脑袋。赛文用艾梅利射线击碎圆盘，怪兽也松口了。基地里，古桥等人缠着安井为他们预言，但是安井沮丧地说他失去了预知能力，突然他又大笑着说，没有了预知力，他就再也用不着逃跑了。众人听了也都哈哈大笑起来
古桥接到母亲病重的电报，匆忙赶回北海道老家。古桥的妹妹到车站来接，在车上，古桥问起母亲的病情，妹妹却闪烁其辞。在古桥的一再追问下，妹妹终于说出真相。原来古桥的母亲并没有得病，她一直希望古桥能回家继承牧场的事业，故意说得病把古桥诓了回来。古桥当然不乐意，耍了个小诡计把他妹妹骗下车，自己开车走了。北极上空，地球防卫军的侦察正在巡逻，操纵杆突然失灵，和迎面而来的民航客机相撞。奥特警备队非常重视这次事件，为了调查原因派古桥驾驶奥特飞鹰3号前往出事地点。古桥正要出发，电话铃响了，没想到居然是古桥的母亲。古桥夫人见儿子不肯回北海道，于是亲自来接古桥回去。队员们见此情况，都争着要代古桥去执行任务，但是被古桥拒绝了。“大家的好意我心领了，但是我的工作被人抢了，心里也不高兴啊。安奴，我的母亲拜托你了。”说完就出发了。古桥驾机向北极飞去，进入北极圈时，地面上的灯塔里射出奇怪的光线，但是古桥并没有发现，继续往前飞。“距离出事地点5760公里，按2.8马赫的速度，120分钟后到达。”作战室里索加正汇报情况，队长指示古桥将操作转作自动档，古桥依命行事，却发现转换装置失灵了，但是手动操纵并无影响，于是古桥继续前进。为了不发生意外，奥特警备队向航空公司发出禁止在北极地区飞行的命令。尽管如此还是有一架载有300人旅行团的民航客机进入了北极圈，相撞在所难免。为了避免灾难重演，队长决定引爆飞鹰3号，下令古桥启动自爆装置，脱离后引爆，但脱离装置也坏了。安奴和团把古桥夫人接到基地山下的旅馆安置。古桥夫人告诉团，她来的目的是要接古桥回去的，团很吃惊。这时安奴悄悄告诉团，古桥出事了，团立刻回基地，驾驶奥特飞鹰1号追了上去。为了让古桥夫人能和儿子最后通一次话，桐山队长让安奴把古桥夫人接到作战室。“我是古桥茂。”“是茂茂吗？”“妈妈。”……“那么说我的声音也在北极了？”“是啊，正冻得发抖呢！”古桥为了不让母亲伤心，故意开起了玩笑，可是眼泪却止不住地在笑声里落下。古桥夫人在作战室看到众人忙碌穿梭的身影，心想原来奥特警备队的工作是这么辛苦的。飞往北极团在接近北极圈附近发现了那个灯塔有些古怪，于是降落调查。灯塔里两个加南星人正在发射扰乱飞机的奥罗拉光线。团放出乌英达姆前去，灯塔里射出的光线使乌英达姆变了性，乌英达姆开始向团发起攻击。团变身为赛文制止乌英达姆达的攻击，对于乌英达姆既不能打死，又不能打伤，赛文只得带着它绕圈跑。乌英达姆跑得起了性，直跑到晕头转向才坐倒在地。赛文指挥回复本性的乌英达姆再次进攻灯塔，灯塔又发出射线将乌英达姆打伤，赛文只得收回。灯塔里的加南星人见势不妙连忙逃走，原来灯塔是经过伪装的火箭，赛文追上用十字光线击毁了它。加南星人死了，对北极的控制也消失了，飞鹰3号与客机相撞的事故也得以避免。古桥平安回到基地，他的母亲已经回去了。这时桐山队长又下令要古桥去巡逻，古桥请大家代劳，众人坏笑着拒绝，原来队长是要古桥去北海道上空飞一圈。在北海道巡逻的古桥感慨万千，眼前仿佛出现了母亲的身影：“茂茂，妈妈回去了，牧场的是你就不必担心。妈妈明白，作为男人，干自己选择的工作是一种享受。毕竟你是奥特警备队的队员。
奇怪的寒流侵袭着日本，以奥特警备队基地为中心的半径3公里的地区成为寒流的中心，据从外面回来的天成汇报，气温下降到零下112度，古桥惊讶地说：“我的故乡北海道最低温度也不过零下40度。”索加笑着为天成倒了一杯热咖啡，“不用担心，地下原子炉正在燃烧，这里永远是春天，人类科学万岁。”屏幕上传来团的图像，由于寒冷猎犬号出了故障无法前行。桐山让团放弃猎犬号回基地来，团面有难色，安奴安慰说：“快回来吧，有热咖啡等着你。”团答应了。在赛文的故乡光之国M78星云上没有冬天，所以赛文比常人更经不住这样的寒冷。积雪足有半人深，团在冰天雪地里艰难地前行。室外的寒冷丝毫影响不到基地里的融融春意，可突然整个基地发生强烈震动，停电了，所有的设备都无法使用，雷达也陷入瘫痪。桐山队长急忙询问动力室，究竟怎么一回事，回答却是原因不明，队长责令一定要查明原因。古桥和天成奉命下到地下动力室调查原因，科学班的相井班长说原子炉的中心部位遭到重创。动力室的墙上有一个大洞，古桥和天成架起探照灯，看到里面有一个怪兽，从嘴里喷出冷气，连火焰枪也对付不了它。古桥建议用zd，被桐山队长否决了，如果使用zd，怪兽固然会被消灭，但是基地也会被炸上天。没有了动力，基地内部温度骤降，寒气不断涌入，众人连忙穿上了防寒服。动力室里应急灯，取暖器都开动起来，竭尽全力抢修原子炉。温度越来越低，不少人都支持不住而倒下了，安奴和医务官全力抢救。医务官向山冈长官提出全体撤离基地的建议，山冈长官不同意，下令坚守阵地，一定要坚持到最后。在雪地里的团步履艰难，尽管他不停地给自己打气，但是终于也支撑不住倒下了。昏迷中他看见三个自称是波尔星人的宇宙人。这奇怪的寒流就是他们制造的，他们要把地球变成第三个冰河期，从而占领地球。因为地球上有防卫军的存在，所以他们派出了怪兽甘达前去破坏基地。团从昏迷中惊醒，伸手去取奥特眼镜，却发现眼镜不见了，他急忙沿来路去找。这时破坏了防卫军基地的怪兽甘达飞到了外面，失去眼镜的团只能让米克拉斯暂时抵挡，自己又一次陷入昏迷，波尔星人嘲笑他说，地球将会成为赛文的墓地。决不能让波尔星人得逞，团在雪地里找到眼镜立刻变身，但是在雪地里已经消耗了将近2/3的能量，赛文已无力作战，头上的指示灯也忽明忽暗，他只能飞离地球，去补充太阳能。米克拉斯并不是甘达的对手，很快就处于下风，幸好赛文及时赶回投入战斗。基地里不断地有人倒下，就连在动力室负责维修的相井班长也倒下了，在医务官一再的强烈要求下，桐山下达了全体撤离基地的命令。古桥不甘心就这样失败，独自留下修理原子炉。皇天不负有心人，原子炉重新开始运转，基地又回复了。奥特飞鹰紧急出动，赛文有奥特飞鹰的支援，很快打败了甘达。波尔也全身而退，临走前他们说到：“我们承认我们的失败，但是我们也知道赛文奥特曼也有他的弱点，那就是随着战斗能量会逐渐减少，而且他的能量已经不像以前那样充沛了，知道这些对我们来说也已经足够了，待到时机成熟，我们还会回来的。”尽管有宇宙人不断地入侵地球，但是我们的奥特警备队和赛文奥特曼会了保护地球而一直战斗下去
地球防卫军正在研发新型的超强武器R1号，主持这项研究的是地球防卫军国家委员会的赖川博士和宇宙生物学专家浅野博士。超强武器R1号是用来攻击行星的dd，威力相当于8000个qd。为了试验R1号的威力，委员会花了三年时间选择了基耶龙星，在那儿试验既不会对地球造成危害，又可以向其他星球昭示，地球上有超强杀伤性武器，不要轻易进攻地球。可是团提出质疑，他问古桥：“只要能保卫地球，干什么都正确吗？”古桥无言以对，团要去向队长提出终止R1的实验，被古桥阻止了把团一把拉进医疗中心。“如果敌人用比R1号强大的武器进攻我们，怎么办？”“那就再研制比那更强大的武器来对付他们！”古桥回答到。团默默地说道：“那是一边吐血，一边拼命奔跑的马拉松。”R1号的实验如期进行而且非常顺利，基耶龙星顿时化作宇宙的尘埃。除了团之外，大家都很高兴，赖川和浅野都表示下一步将着手更强的R2号，甚至R3号、R4号的研究，这样地球的防卫力量就能大大增强。团一言不发地出去了，安奴问他去哪儿，他只撂下一句：“巡逻时间到了。”大家还在为R1号的成功高兴的时候，宇宙观测艇8号遭到来自基耶龙星的袭击，联系中断。同时基地的雷达也观测到有巨大的生命体正从基耶龙星朝地球方向飞来，桐山队长立刻命令巡逻中的奥特飞鹰1号前去调查。团和古桥驾驶飞鹰1号飞出了地球，在宇宙中发现一个巨大的基耶龙星兽，正向地球急速飞来。飞鹰1号发射的dd对它不起任何作用，就连宇宙中迎面撞来的陨石也被怪兽劈成了两半。在基地里浅野博士无论如何也不敢相信，基耶龙星上温度有270度，氧气含量只有0.6%，是不会有生物存在的。怪兽很快到达了地球，装备新型zd的飞鹰3号出发，几下就把怪兽炸成了碎块。但是在R1号如此威力的爆炸下都没有死的怪兽就这样轻易被消灭了，真是让人担心。竹中参谋和赖川博士当即决定马上开始R2号的研究，以防有比基耶龙星兽更强的怪兽入侵。基耶龙星兽并没有死，它的碎块慢慢合拢聚集，又复活了。警备队再次出击。这次基耶龙星兽从嘴里喷出一股黄色的具有放射性的烟雾，据检测那是R1号上的放射物质，基耶龙星兽在爆炸中受到辐射，吸收了这些放射物质到地球上来复仇了。竹中参谋下令当地的居民紧急疏散。被怪兽的光线击中，奥特飞鹰1号迫降，桐山下令从上风头攻击。团一个人冲进烟雾变成赛文。赛文几次用头标攻击，被基耶龙星兽的翅膀挡了回来，一不小心，右手手臂被基耶龙星兽的光线击中受了伤。基耶龙星兽不断喷出放射性的烟雾，赛文不得已只得扯断了它的一只翅膀，重创基耶龙星兽，随后用头标切断了它的喉咙。被放射污染的地区被封闭起来，团因为受到较大的照射在医疗中心接受治疗、休息。经过竹中参谋、赖川博士、浅野博士和桐山队长的谈论，最终决定向委员会提出终止超强武器的研究。竹中参谋把这个消息告诉了团，团高兴的笑。
深夜，一团红色的火球飞入朝日沼泽的湖里……
这天奥特警备队的通讯员野川和未婚妻早苗前往基地做客，他们俩是索加的好朋友。汽车开到半路突然失去控制，向后倒去，一直开到停在湖面上的一个飞碟中。倒在路边的早苗被几个游人发现，报告了奥特警备队。团和索加赶到发现早苗仍然不省人事，索加沿汽车留下的汽油痕迹追查到湖边，难道野川把车开到了水里？为了调查清楚，古桥潜水下到湖底，但是仍没有丝毫的线索。接下来的几天，警备队以朝日沼泽为中心扩大了搜索范围，继续寻找野川的下落。在湖底的飞碟里，野川正在被博古星人改造成电子生化人，变成一个女人模样的博古星人要利用野川的身份对奥特警备队进行破坏，她交给野川一个盒子，里面装有数枚强力zy。在家里的早苗以为野川已经死了，正对着照片伤心，从门外走进一个人来，居然是野川，早苗又惊又喜。但是野川告诉她，他们要分开一段时间，而且今晚他来过的事不能告诉任何人，说完就走了。等早苗追到门口，野川已不见踪影。回到基地的野川让众人松了口气，队长让他先去休息，团发现他的行为有些古怪，悄悄跟着他，却发现基地的警卫都遭到了野川的袭击。团连忙按下警报，大家分头寻找，却看见野川在机械室的门口消失了。队长带领众人来到机械室上部的观测台，看见野川正鬼鬼祟祟地在安装什么东西。团上去查看，野川面无表情地说出真相，zd会在下午6点爆炸，那时是防卫交接班的时候，也是基地里人最多的时候，这样就能把地球防卫军一举消灭。说完，团和野川扭打起来，经过改造的野川，连团也不是他的对手，连连被打倒，而团的拳头却丝毫也伤不了他，就当野川掐住团的脖子时，索加射出了麻醉弹，野川应声倒下。野川被送到医疗中心接受治疗，拍摄的X片上显示，野川的脑部有微型的催眠装置，是它控制了野川的行动，医务官让安奴准备手术。团在旁边的一张病床上休息，索加等人则在基地寻找野川安装的zd。找遍了基地，还有一枚zd无论如何也没有找到，众人着急万分，其实剩下的那颗zd在团和野川扭打时落在了团的靴子上，不过就连团自己也没有察觉。略有苏醒的野川说出“朝日沼泽”四个字，桐山队长立刻带领安奴前往，几番攻击后，用磁力zd摧毁了湖里的飞碟。博古星人不知在什么时候进入了基地，她用胸前的钻石击倒了医疗中心里的人，正要杀掉失去利用价值的野川，这时团醒了。团用帕拉枪击毁了钻石，博古星人匆忙地逃了出去，团变身为赛文。博古星人确实是个劲敌，赛文几次吃亏，最后还是用头标从背后把博古星人的头给割了下来。几个星期后，野川和早苗迎来了他们生命中最幸福的一天
白洛辰吃着蛋糕说道：“在等等吧！！！！”