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少恭的仙灵之力与众人根本不在一个境界，只有同样持有长琴仙灵的屠苏能与他抗衡。两人分别幻化出自己的星蕴交战，结果两败俱伤。悭臾的鳞片掉落在地，少恭回想起太古之约，却感慨自己已经不再是那个淡泊的仙人，而是蓬莱的永恒之主。少恭以自己的琴拼死一搏，屠苏也催动全部煞气，以焚寂相抗。两人死战之际，巽芳终于出现在了少恭面前，少恭这才知道，原来一直陪在自己身边的寂桐，就是他心心念念的巽芳。巽芳为了以真面目来见少恭，不得不服下剧毒的雪颜丹，此刻已经到毒发之际。少恭也是油尽灯枯，两人相拥而逝。玉横失去施法者的控制掉落在地，蓬莱开始崩塌，屠苏把焚寂交给千觞，用最后的煞气将千觞、兰生和襄铃送走，晴雪却执意留下陪伴屠苏。屠苏以鳞片召唤悭臾，二人乘龙离开，也算是在生命最后一刻完成了太子长琴的太古之约。晴雪约定会在世间寻找屠苏散落的灵魂，屠苏在她怀中含笑消散。之后，每个人都有自己的结局：兰生回琴川娶了月言，襄铃出海寻找狐族圣地青丘之国，尹千觞回到幽都做回了风广陌，陵越继任了天墉掌教。而晴雪，向女娲乞求了千百年的寿命，在人世间年复一年寻找屠苏散落的灵魂，期盼有一天能与他回到桃花谷。
“叮！恭喜主人观看《古剑奇谭》，获得奖励：龙渊七凶剑、女仆风晴雪、巽芳、襄铃、方如沁、红玉、孙月言、叶沉香！”
“叮！奖励发放完毕！”
“叮！检测到《古剑奇谭》有序曲，现在开始传送……”
“叮！已抵达！”
精擅偃术的开朗少年乐无异（付辛博饰），因机缘离家，并因仰慕传说中的偃术大师谢衣（张智尧饰）而踏上偃术修行之旅。旅程中，乐无异邂逅了百草谷天罡战士闻人羽（颖儿饰）、太华山弟子夏夷则（李治廷饰）、身世神秘的美丽少女阿阮（姜雯饰）等伙伴。功夫不负有心人，乐无异找到了谢衣并拜其为师。然而一股名为流月城的势力出现，引出了一个个谜团，同时也使众人陷入一次次危机。乐无异等人与谢衣一同寻找名为昭明的上古之剑，途中遇到流月城大祭司沈夜（邵兵饰）率众来袭，谢衣为救众人身死。乐无异通过谢衣遗留的偃甲“通天之器”，得知谢衣与流月城的关系及流月城的往事。原来沈夜为救即将覆灭的流月城，与砺罂达成合作，此举若成功必将危害人间。为替谢衣报仇，并阻止流月城阴谋，乐无异与伙伴们历尽艰险找到昭明剑心，赶赴至高居九天的流月城，击败沈夜、消灭砺罂，最终阻止了一场灾难的发生。
上古时期女娲补天后，神农为保护烈山部而将其封印在流月城却引起祸乱。长安城中昭宁公主偷溜进乐府，恰逢乐无异研制偃甲爆炸。闻人羽前来长安破解偃甲蛋，遭到百草谷师兄缉拿，无意间和无异结识。闻人恳求师兄，待她寻到师傅定回师门请罪。乐府遭到捐毒大将军后人狼王安尼瓦尔刺杀，无异好奇触发晗光剑救下父母，父亲却不愿提起捐毒之事。三皇子李焱修道有成回宫，父皇暗示他争夺储位，李焱和母亲均无此心。
无异被捐毒人绑架幸得闻人出手相救，两人偷偷躲上偃甲船躲避，无异看出偃甲船毛病获得主人好感。无异见猎心喜偷走闻人的偃甲蛋，闻人阴差阳错追进宫中，意外帮助无异识破二皇子欲毒杀李焱。昭宁笄礼马上要开始，求无异暂瞒此事，等笄礼结束自己去问个明白。二皇子察觉计划失败，虽然李焱无心争储位，却再次下毒酒公然在大殿毒杀李焱。
李焱中毒神志恍惚妖化，二皇子立刻下令捉拿。昭宁发现李焱仍识得自己，让李焱挟持自己离开大殿。无异召唤偃甲鸟假借保护昭宁，阻拦御林军追击李焱。淑妃无奈暴露自己妖的身份，用法术送儿子李焱等人出宫。无异帮忙修好偃甲船，船主感激带他们逃出长安。明川上师认出无异就是十年前的男孩，却无法破开偃甲船防护罩。李焱顺利回到太华山，明川竟是烈山部人回流月城复命。