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南侧领土的最高负责人皮克西斯司令，指示驻扎兵团展开托洛斯特区夺回作战，企图让艾连巨人化后搬运大石封住被毁的城门，而在巨人们不断入侵进来的此刻，更显作战的重要性，艾连也决定成为大家的希望。
巨人化的艾连，竟对着米卡莎挥拳，让托洛斯特区夺回作战计画，似乎蒙上一层失败的色彩，尽管米卡莎快速闪过，但巨人化的艾连继续攻击，最后还挥拳打中自己，并因此无法动弹，就在此时，有三具巨人朝著艾连而来。
艾连在阿尔敏的刺激下终于觉醒，继续执行任务用大石封住洞口，但在这期间，仍有巨人陆续入侵托洛斯特区。为避免艾连遭受巨人攻击，精锐部队决定舍命保护艾连，尽管任务最后终于成央A但伤亡人数也不断攀升。
又过去很多天后，艾伦又一次在地牢里醒来，自己依旧被锁在这里。这时法庭中已经在为艾伦准备“特别军事会议”，由三大兵团统帅达利思·扎克雷总统裁决。之后艾伦被两位分队长：韩吉·佐伊、米凯·撒迦利亚斯押送至法庭。审判中，宪兵团和宗教高层因自私自利而对艾伦和三笠加以指责，在艾伦快要失去理智时，利威尔兵长对其施以拳脚令其冷静，并称：这是我一贯的主张，我认为最有效的管教就是疼痛。实则是为了保护艾伦不会在失去理智时被宪兵团杀害。埃尔文团长借此机会将艾伦吸纳进调查兵团。庭审结束后艾伦被送出法庭，在休息室里，利威尔变相的对艾伦道歉了一番，而后分队长韩吉为艾伦检查被利威尔打伤的嘴时，却发现本应断掉的牙奇迹般的重新长出来了。
艾伦在利威尔兵长的带领下进入了调查兵团，利威尔的特别作战小组为了控制随时可能暴走的艾伦入住了城堡。渐渐的，艾伦发现，小组的成员都显得有些奇怪。韩吉分队长来邀请艾伦参加将要进行的巨人活体实验，并在艾伦的请求下为他讲述了曾经实验的细节。巨人们不用食物和水，日光供给他们活动的能量……第二日却有士兵报告，两个巨人被人在夜间杀害了。韩吉分队长难过的快要疯了。
相关人员仍在调查是谁杀害了两名实验巨人，可是没有新的进展。三笠和阿明等104期学员此时开始了自己兵种的选择，在埃尔文团长的一番稍带恐吓分析现状的讲话后，阿尼选择了宪兵团，而康尼，萨莎和让经过了一番艰难的心理斗争后，和三笠、爱尔敏他们一样选择了调查兵团。于是在104期前十名中，三笠·阿克曼，莱纳·布朗，贝特霍尔德·胡佛，艾伦·耶格尔，让·基尔希斯坦，康尼·斯普林格，萨莎·布劳斯，赫里斯塔·兰斯成为调查兵团新成员；阿尼·利昂纳德加入宪兵团，马可·博特阵亡。同时加入调查兵团的主要人物还有阿明·阿诺德和尤弥尔。在调查兵团见到久违的艾伦，大家都激动不已，尤其是三笠，十分关心艾伦是否被虐待或强迫去做什么事。特别行动班和新兵都被列入了第57次壁外调查的名单。
一个月后，壁外调查正式开始，此次作战意在通过发射不同颜色的信号弹通知士兵们巨人的位置以此调整行进方向避开巨人，到达目的地（艾伦家地下室）。一切看似有条不紊的进行着，这时艾尔敏一侧出现了一名女巨人，两位前辈试图杀死她却发现女巨人速度惊人，而在他们将她要害锁定时分别被女巨人捏死、摔死了，目睹了这一切的艾尔敏由此断定女巨人拥有智慧，女巨人俯下身观察艾尔敏，就在他以为自己必死无疑的时候，摘下了他帽子的女巨人却跑开了。与莱纳、让汇合后，艾尔敏推断出他们的目标是艾伦并指出艾伦在最安全的中央后方。随后他们与女巨人战斗，在莱纳从女巨人死里逃生后，他却发现女巨人跑向了艾伦的位置。
爱尔敏、莱纳和让逃脱了女巨人的追击，却丢了两匹马难以行进，在发射信号弹后，克丽斯塔牵了两匹马到来，骑上马的他们准备撤回却在看到埃尔文团长他们发射的绿色信号弹后无奈继续前进。而女巨人的目标似乎仍是艾伦，其他士兵们为了阻止其行进受创惨重。在团长的带领下，大批人马进入了曾被作为壁外观光圣地，而现今是躲避巨人袭击的长满高树的森林。特别作战班从正中进入了森林，更有人马从森林两侧迂回。此时却收到埃尔文团长的命令，要所有人上树，阻止巨人进入森林，待大家上树后，不久便有许多巨人到来围在树下，但士兵们并未与其交战。与此同时，女巨人进入森林，她极快的行进速度不久便赶上了特别作战班，看样子，她的确是冲着艾伦来的。作战班的成员们都呼喊兵长下令与她作战，兵长却毫无回应。直到最后，兵长举起枪，说：“捂上耳朵！”。
调查兵团的利维尔班依然在巨木之森中被女巨人追赶，利维尔而的一枪拉大了他们和女巨人的距离。可飞速奔跑的女巨人眼看就要追上了艾伦他们。艾伦眼睁睁地看着后面的战友为了阻挡女巨人而牺牲，想要战斗却因利维尔一个不明确的目的被阻挡，艾伦想要咬破手利用巨人之力，而此时他面临着的是相信自己还是相信大家……曾经，为了探究艾伦的巨人之力，将艾伦降入井中，可将手咬的满是血却没有变成巨人。艾伦伤心而又沮丧，而就在他想要捡起掉在地上的勺子是，手瞬间出现了巨人化，没有皮肤的巨人之手十分灼热。后来调查出艾伦的巨人之力只有在有明确目的时可以启用，为此误会了艾伦的大家也咬了自己的手以示歉意……想起这些，艾伦选择了相信大家，继续全速前进。不久，到了关卡，埋伏已久的调查兵团用密集的炮困住了女巨人。兵长让大家藏好艾伦，自己飞回树上，准备和调查兵团的精英们（包括三笠）一起活捉女巨人
固定住了女巨人后，艾伦、爱尔敏和三笠他们似乎都没有猜出埃尔文团长的用意。可是因事情不断的进展，特别作战班和爱尔敏感知到，不被信任是因为可能出现了能够巨人化的间谍。团长似乎是想要捉到隐藏在巨人面具下成为人类战士的间谍。利威尔兵长和埃尔文团长想要去砍捂在后颈上的女巨人的手时，钢刀却断了。女巨人的手上出现了一层淡蓝色的透明铠甲，片刻又破碎消失。埃尔文团长推测这可能与铠之巨人有关。兵长站在女巨人头上冷冷地讲了几句话后，女巨人发出了孤注一掷般的吼声。接着，大批奇形种朝这里奔来。最后，埃尔文团长下达了全体战斗的命令，可不敌人数过多的巨人，便准备撤退。女巨人招来如此多的巨人来啃食自己的躯体也不让情报泄露。撤退时，团长却让利威尔去换上钢刀和补足气体，特别作战班的返程似乎又碰到了女巨人，根塔先生在没有防备下被攻击成重伤后挂在了树上。