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富勇太于初中毕业的时候，决定同时为自己举办中二病毕业的仪式。打算顺利渡过高中生活的他，在开学日以最后的中二语录完全封锁这段黑历史。可惜天意弄人，勇太遇上了现任中二病患者暨同班同学小鸟游六花，更被对方看出中二病的残余症状。六花于是以此威逼勇太与她“立下契约”。对方的行为举止惹来了不少同学、家人、甚至初中好友的注目，使勇太在享受“现充”的生活同时，又充满著难言之隐……
“叮！开始发布路过任务：请主路过该世界奖励：能力邪王真眼、女仆小鸟游六花、丹生谷森夏、五月七日茴香、凸守早苗、九十九七濑、富樫樟叶、富樫梦叶、小鸟游十花、小友、美香、佐藤、铃木、街风、谢花、雷电、巫部风铃！”
告别中二病的过去，勇太准备以新姿态迎接高中新生活。然而，就在开学前夜，他遇上了落在自家阳台上的一名神秘少女。原来，这名叫做小鸟游六花的少女就是新班级的同学，刚刚搬到勇太家楼上。没想到六花竟然是现役中二病患者，她意外地得知了勇太以往的中二病身份，并主动接近勇太。虽然勇太略为抗拒与她来往，但眼见少女冒失又不能不管，带她到保健室，护送不认路的她回家，帮她搬运行李......看来真正脱离中二病的路还远呢。
勇太的高中生活已经开始了一段时间，虽然他还在小心翼翼以免暴露自己的中二病过去，身边也有六花这样的现役中二病，但他还是顺利地融入到新班级。在一色诚的推荐下还成为了班长，与森夏一起打理班级的大小事务。某一个晚上，六花见到了一只猫，碍于姐姐十花的过敏症而无法在家中收养。听闻二年级有人在寻猫，六花在勇太的陪同下来到了二年级的教室，找到了茴香学姐。结果此猫非彼猫，于是围绕养猫的问题，六花的姐姐发生了争端，结果猫最终还是被勇太家收养了。
高一的新生们出席了社团介绍的说明会后，纷纷开始选择适合自己的社团。就在这时，六花也打算在校园内设立自己的社团，并且打算邀勇太入团当部长。虽然勇太马上拒绝，但后来还是半推半就地与六花开展了招募工作。在招募过程中，他们与茴香的午睡部合并。为了填补人员不足的问题，六花“召唤”了后辈，自称是魔王真眼仆从的凸守早苗来助阵参与。在七濑老师的安排下，同好会“极东魔术午睡结社”终于成立了。
六花秘密发起的同好会“极东魔术午睡结社”随着森夏的加入而改名“极东魔术午睡结社之夏”。对于这个全班第一美少女的加入，勇太不由得各种遐想。某个周日，森夏以“有事相谈”的借口到了勇太家做客。结果，在勇太家里，森夏暴露了自己中二病的过去，她加入这个同好会的目的原来是为了销毁自己在中二病时期胡乱制作的“黑暗圣典”的复印本，而复印本的持有者就是现役中二病的凸守早苗。森夏与早苗围绕圣典的争斗就这样开始了。
“极东魔术午睡结社之夏”这个不知道干什么的同好会迎来了解散危机，原因是发起人六花数学考试的成绩过于恶劣，激怒了数学老师，如果下次考试成绩提不上去，同好会必须解散。为了挽救危机，六花打算以帮忙打理学校杂物的形式抵消解散的危机，却反而使事态恶化。要挽救这次危机，还是要老老实实地的学习。于是，勇太再次出手相助，辅导六花学习。结果，勇太连哄再骗地经过数日的奋斗，终于帮助六花度过危机。
初夏的某天，一色诚收到了有生以来的第一封情书，因为是匿名的关系，所以一色诚找到了勇太商量对策，却意外地发现了森夏的真面目。在森夏的建议下，一色诚决定迅速赶回家做各种“模拟训练”，却在回家途中不小心遗漏了写有班上可爱女生选拔赛情报的笔记本。结果该笔记本被同班的女生捡到了，并引发了一场男生的问责事件。于是一色诚只好挺身而出承认自己的一切行为，并且以剃光头的方式请罪。然后，在银杏树下，女生并没有出现。
勇太、一色、森夏、茴香和凸守在六花的邀请下来到了小鸟游的老家。本应是享受阳光和海滩的充实校园暑假生活，勇太却从六花与其家人之间的微妙的气氛当中，察觉了此行有些不寻常。原来六花的父亲在三年前去世，而此行的真正目的是让六花前往祭拜父亲。可是，六花并不愿意接受父亲去世的事实，并且一直逃避着。知道了事情真相的勇太，决定陪伴在六花身边，在夏日的晚上，与少女一起前往需找“不可视境界线”。