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在文化救国与教育事业有所进展时，军队的第一轮改革也在同时进行着。
军队严重依赖雇佣兵，这是帝国面临的最致命的问题之一。
罗马军队招募雇佣兵的传统甚至可以追寻到（古典）罗马帝国时期，那会儿由于罗马版图越来越大，罗马人也逐渐提供不了充足的兵源，因此雇佣军成为了必不可少的中坚力量，他们大多数都为罗马军团提供辅助性帮助，例如“努米底亚”标枪骑，希腊方阵重步兵等等。
到395年狄奥多西将罗马帝国分给他的两个儿子管理时，这一情况更加明显，尤其是罗马帝国西部政府。东部帝国相比于西部，无论是制度还是财政都比后者要好许多；而西部帝国除了意大利本土和阿非利加，其余行省基本上收不上什么税，国家政治制度的崩溃，加上连年内战，以及（本土）国民“铅中毒”严重，本国军队的战斗力自然一落千丈，皇帝们不得不依靠大量的雇佣兵来维持统治，但雇佣兵本来就非常耗钱，要求的薪水比普通士兵高上不少，自然让西帝国本就不怎么好看的财政收入更加难看了，而连年战事又逼得统治者增加雇佣兵数量，自然加大了财政压力，而这一切都将转接到底层社会，社会和经济的崩溃自然更加严重，如此恶循环下来，西部帝国到最后甚至无兵可用。
（而且西帝国的雇佣兵还经常反水，给了钱马上就跑去当二五仔了）
东部帝国吸取了西部帝国的教训，加之本国经济良好，战事较少，以及文官制度的运转，因此历代统治者极力排斥军中雇佣兵及蛮族士兵的数量，因此在很长时间里东帝国都没有出现过军队大规模叛乱的事情。
一直到查士丁尼一世为止，“大帝”为他的继承者留下了空空的国库以及一个危机四伏的帝国，大瘟疫导致帝国无论是经济还是军事都已经双重崩溃，新皇帝面临这一切几乎束手无策，为了增加财政收入不得不减少官兵的军饷，自然导致后者的不满，甚至叛变。
波斯罗马战争打了整整二十多年，虽然东帝国获胜，但两国实则都已经两败俱伤，国家接近崩溃的边缘，阿拉伯人正是抓住了这个机会，才在短短几年内便横扫了大半个东帝国和整个萨珊波斯。
在这一时期，军区制开始实行。
1071年曼奇科特战役后，尤其是科穆宁王朝时期，军中雇佣兵数量开始大幅度上升，光在阿莱克修斯一世时期就已经很明显了。而如今，就拿尼西亚军为例，目前绝大部分都是雇佣兵，有的来自亚美尼亚、有的来自法兰克、有的来自罗姆苏丹或更遥远的阿尤布埃及……而希腊士兵不仅数量少得可怜，而且战斗力也不堪入眼，在军中作为辅助兵种使用。
还是那句话，如果东帝国想要复兴，那么她就必须要有一支强大的陆军和海军，并且中坚力量必须是希腊人自己。一味的依靠外族雇佣兵，最终自会沦落到毁灭的下场，巴列奥略王朝第二代君主安德洛尼卡二世就体会过这个滋味。
但，军队改革必然会引起其他人的不满，必然出现一系列短时间内很难攻克的问题。
改革就像是分蛋糕，每一次分蛋糕时总会触碰到别人的利益，就看蛋糕的主人怎么分配。
不改革，意味着亡国；改革，意味着流血。古往今来，哪个政治家改革时不会引起反对声甚至是叛乱呢？每一次改革的过程都触目惊人，改革成功的代价是必然有一部分人流血，甚至被连根拔除。
想搞不流血改革，隔壁巴列维就是个典型的例子。
提奥多雷想要改造军队，减少雇佣兵数量，第一个反对的就是雇佣兵领袖，这没什么好说的；那些与雇佣兵有联系的领主也不会同意；提高希腊士兵的质量和数量，最关键的因数就是重建军区制，以及军区制改革，这更会引起当地大地主、贵族的强烈反对，因为军区制最重要的一点就是分配土地给农兵。
想想看，大地主要的是土地兼并和垄断，钱都流入自己的裤兜里，怎么可能舍得吐出一块肥肉？
土地兼并不仅严重影响军区制问题，而且还加剧了社会矛盾，因为自由农越来越少，土地都被地主吞并，导致破产者越来越多，最后一个个沦为乞丐，富人越来越有钱，穷人越来越多。
光是提奥多雷想彻底改革军队，都需要面临这几大难题，每一个都相当棘手，尤其是最后一点，相当于他要同时跟地主和贵族阶级作对，玩的不好第二天就被刺杀了……
因此，提奥多雷目前只敢尝试第一轮改革，而不是完全改革。改革的核心要点已经说过了，而第一轮主要针对希腊士兵自己。
雇佣兵虽然经常“二五仔”，但在给的钱够的情况下，一般来说大部分雇佣军是不会造反的，这也是为什么历代皇帝越来越重用雇佣兵（毕竟军区制出现后，自己人更可怕）。而目前大敌当前，这些雇佣兵暂时成为了对抗拉丁人的中坚力量，因此万不得解散。
关于希腊士兵战斗力划水的问题，最大因数是之前提到的军区制问题，考虑到目前时间问题（主要是没空管领主们），提奥多雷只在自己的直辖领地上尝试建立了几块不大的军区。
（提奥多雷是有封地的，他自己都是普洛尼亚领主，并且还是当地有名的大贵族。）
而提奥多雷的直辖领地主要分布在尼西亚附近，恰好就是兵源一带，因此可以在短时间内招募到优秀的兵源。
提奥多雷在恢复军区制的过程中，由中央政府直接负责，坚持希拉克略时代的原则，实行军、政权利集中于军事首脑的一元化管理体制，军事首脑“将军”由皇帝亲自任命，直接对皇帝负责。各级军事官员和士兵在尼西亚军重新占领和控制的地区按照原军事编制驻扎下来，并以皇帝的名义按照兵种和级别重新分配土地，形成新的农兵阶层。
重建军区制还可以促进当地经济发展，为中央政府减轻财政压力，提高国库收入。
但目前受于各种限制，提奥多雷在接下来很长时间里，军区都受制于他的领地之内，虽然受到的压力会小很多，但提供的兵力却是少之又少……
想要完全重建军区制，还需要些年头，最起码，先把拉丁人的问题解决了再说吧！