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这个称李斯是他恩人的人，见李斯把血书写完了，就赶紧揣在怀中离开。他出来后就径直来见赵高。赵高接过奏章，眯着三角眼一口气读完，竟然吓得满头大汗，就放声大笑道：“这要是落在皇帝的手中，我们就完了啊！哼！这是罪证吗？这分明是表功劳啊！嘿嘿，还想用这种办法来打动皇帝，呸！一个死囚犯也敢泣血上书？”就叫过一个小宦官，阴阳怪气地道：“你想不想拉屎？”小宦官吓得赶紧爬在地上道：“大人怎么问这话？小的不敢啊。”赵高狂笑数声，就用命令的口吻道：“你不拉也得拉，去！拿上这个，撕成碎片，一片一片地擦成屁股，等擦完了拿来我看。”小宦官就赶紧拿上奏章向茅厕跑去。
赵高担心李斯还会继续上书，就再次派人来审讯，这些人就假装是从宫里来的，对李斯道：“我们是奉皇帝之命前来探望丞相，皇帝看了你的奏章很受感动。念你以前的功劳，准备放你出狱，还要官复原职！”李斯信以为真，就高兴地爬在地上谢恩。可是官员突然喝令左右一齐动手，把李斯再次狠命地抽打。官员还大声地吼道：“你虽然写了奏章，可为什么没有提及你通敌叛国之事？今天若是不从实招来，就打死你！”李斯如同当头棒喝，又挨了一顿鞭子，他实在气愤不过，就从牙缝里迸出了一句：“那小子是个桀、纣一样的暴君啊！不分忠奸，不辨是非的糊涂蛋啊！再这样下去，大秦国一定会亡国啊！”可是最终还是忍受不了鞭笞之苦，承认了自己要谋反。官员这才停止用刑，最后又威胁他道：“你这个老顽固，若再喊一声冤枉就打你一百鞭子，喊十声冤枉，就打你一千鞭子，记住了没有？”李斯忍气吞声，欲哭无泪。这些官员见李斯已经服服帖帖了，就扬长而去。
又过了几天的一个中午，李斯正在昏昏沉沉地睡着，恍恍惚惚地就看见了老子、孔子、孟子等人从天而降，来到他的身边道：“你身为读书人，为什么不爱护书籍？我们辛辛苦苦著书立说，就是劝诫世人要修身养德，与人为善，你却将我们的心血付之一炬，后人怎能知道做人的道理？你罪大恶极，报应不差，不该活在世上啊！”李斯就惊得魂飞魄散，又清清楚楚地看见韩非走来对他道：“老同学，为什么要杀我？”李斯大惊，感觉像是活在阳间世上，就问：“你的书并没有烧啊，为什么还来找我的麻烦？”韩非道：“书虽没烧，可你为什么诬陷我啊？”李斯道：“你的才能人间不得彰显，天上的人一定会喜欢，为何还如此落魄？”韩非道：“我虽然有才，可也是主张用法律来统治人民，天帝说用法不慎也会惊吓到百姓，因此我也无所依托啊！”李斯听罢，毛骨悚然，心想自己也曾劝人主推行“督责之术”，不也枉害了许多人的性命吗？今天被囚，可能是因为天帝不喜欢我，今后怕也是无所依托了。忽然间就听见有人召唤他，说是宫中来人了，要复审李斯。李斯就从昏迷中惊醒过来，再仔细一听，原来又是从宫中来的官员。
这些官员见李斯昏睡，就轻声对着他的耳朵呼唤。此时李斯已经不对二世抱有任何幻想了，他一连几天已经被折磨得心神疲惫，精力憔悴，现在听说宫里又来人要复审他，怕再次招来鞭笞之刑，只好道：“臣有罪，臣有罪啊，对不起陛下，我指使李由通敌，我想背叛秦国，我想谋反，我该死！我该死啊！……”朝官们听了这话，都惊得不知道说什么才好。原来这次来到的真是二世派来的身边人员，他们就很有耐心地说明了身份，还说：“皇帝派我们来复审，丞相若有冤情，就请当面说出来，有陛下替您做主呢！”李斯哪里再敢说，只承认自己有罪。朝官们见李斯如此，只好叹气摇头地走了。二世听了李斯的情况后就气冲冲地说：“如果不是赵爱卿，朕差点儿就被李丞相给出卖了！”
次日，赵高见二世还不处决李斯，心里很是担心，就又捏造了一条罪名，诬陷李斯说：“李丞相想仿效吕不韦，他以前嫁给您皇兄的那个姑娘不是他的亲生女儿，是他的妾。不过那位皇兄侥幸的是没有继承皇位，实乃万幸！”二世一听还有这事，就非常生气，当下把李斯定为死罪。赵高又趁机道：“李斯通敌叛国，罪大恶极，应该用五刑处决，再灭他三族，这样就能警告别的大臣！”二世立即准奏。
秦二世三年八月的一天，秦国决定处决李斯。李斯自从去年下狱后，经过一年的牢狱之灾，终于走到了人生的尽头。今天他见过了所有的亲人，场面真是撕心裂腑啊。按照秦国的法律，一个人犯了大罪，其父、母、妻三族所有亲属人员，包括家丁、门客、兵役、丫鬟、女佣、走卒，连同襁褓中的婴儿也不能赦免，所有这些人都要被处决，总共有四百余口，都带上刑具。在这支长长的队伍中，李斯领头带领他们向咸阳市走来。那些以前和李斯关系好的也有许多人都受到了牵连，有问斩的、下狱的、罢官的，总之打击范围非常之大。监斩官是赵高的女婿，担任咸阳令的阎乐，他今天可是飞扬跋扈到了极点。
李斯走在队伍的最前头，蓬乱的白发和胡须已经显示他很长时间没有梳理过了，看上去如同带霜的茅草。他的脸上还刺着字，显然是受了黥刑才留下的。他此刻看上去满面沧桑，瘦骨嶙峋。在过去的一年里，由于身陷囹圄，整天都处在无止尽的惊恐、失望、哀叹、痛惜、悔恨之中，算是受尽了人间的折磨，所以这一切已经将他煎熬得不成了人样。他脸上的每一道深深的皱纹都如同是刀刻出来的浮雕，仿佛每一条皱纹里都镶嵌着他宦海沉浮中的悲欢离合和深不可测的人生祸福。他衣衫褴褛，全身散发出难闻的恶臭，更为痛苦的是他身上一次次被打得溃烂流脓的累累伤痕，还有虮虱的骚扰，情形实在是苦不堪言。谁也没有想到此时的李斯和从前手握权柄、身居相位的李斯判若两人。虽然李斯今年七十六岁，可看上去已经像是八九十岁的耄耋老人了，所有的一切都将表明此刻的他真的已经到了油尽灯枯之时。就在李斯行走的过程中，他还时不时地想起那晚做的梦，这个梦太奇怪了，他一想起就全身发怵，心里也会自责道：人世间真的有报应吗？如果有报应，死了如何面对圣贤？如何面对先帝？还有老同学韩非他啊？
忽然军士的一声吆喝打断了他的思绪，李斯就定了定神，步履蹒跚地挪动着，他一步一步地向前走，脸上的表情怪怪的，让人无法捉摸，不知他是悔恨还是在追忆。走了一会儿，李斯只觉头重脚轻，控制不住身体，就往后倒去，却被身后一个三十来岁的人抢前一步，用自己的身体顶住了他。原来是他的小儿子李固。李固的手也被刑具牢牢地锁着，所以也只能是用身子顶，他稳住父亲后，口中就大叫道：“父亲大人走稳啊，不能让奸贼笑话我们！孩儿相信，陷害我们的奸贼一定不会有好下场啊！父亲大人，您听见了吗？”李斯头里嗡嗡的，就像是喝醉了酒似的，但他听见儿子在咒骂坏人，痛骂赵高，就突然来了精神，他想事情已经到了这个地步，确实不能再让那个魔头、奸贼、乱臣、国蠹小看我们父子！一年前，冯老丞相和冯老将军拼死劝谏，他们不甘受辱，自杀身亡。二位元老身为将相，却守正不辱，自杀以明志，这不就显示了他们的忠诚和不屈吗？两位老友真是死得其所，重如泰山！他们面对死亡是何等的坦然和无所畏惧？我李斯也是堂堂秦相，先帝的重臣，岂能向奸贼、阉人低头？我从去年被诬陷下狱以来，至今已经有一年的时间了，我不想早死，就是因为我对秦国还有一片赤诚之心，对胡亥还有一点希望，也不愿意看到秦国就此完蛋，总认为胡亥小子会醒悟过来，并且能够听取我的劝告。可是胡亥这个王八羔子，真是一个十足的傻瓜、混蛋！他根本就不了解我的忠诚，现在对他彻底绝望了，你小子等着吧，最终有一天你会明白，只可惜我已经看不到了。正因为这小子如此昏聩，才使心术不正的赵贼一步步阴谋得逞，到现在一手遮天啦。不过自己落到这个下场，也是必然，要不是当年的错误，哪会有今天？想想在沙丘就不应该和赵贼同流合污，篡改遗诏，让胡亥这小子继承帝位啊！若是让扶苏即位，自己怎么会落到如此地步？这真是自己犯下的一个天大的错误啊上苍！假如没有当初的头脑发热，怎么会种下如此的苦果？现在还要搭上我全族四百余口的性命！不过若不如此，怎能让已经死去的扶苏和忠勇刚毅的蒙恬、蒙毅在九泉之下瞑目？一切都是我的错，我不该与虎谋皮，报应！报应啊！我死后怎么面对先帝？
李斯想到这里，心就慢慢地静了下来，因为他想通了，身体也就放松了，所以走起路来轻快了许多。这时李斯的眼前又忽然出现了许多美好的回忆，脸上就逐渐地泛起了一丝微弱的笑意，他便回头对李固喃喃道：“唉！我本来是上蔡县的一个普通人，因为生逢乱世，心有不甘，才不得以卷入了政治的旋涡，若是在当年有人提醒我，说先帝说我的车马很多。若是从那时起，我就退隐江湖，也就不会有今天的结果了。这人的一生啊，真是难以捉摸，因为某些时候正义也不能战胜邪恶，不过最终还是有结果的！如果从一开始，我就心安理得地做一名普普通通的百姓，也不会有今天！这一切都是‘仓中鼠’害的呀，可恨的‘仓中鼠’！”李固默默地听着父亲的怨恨之言，也不知道他说的仓中鼠是什么东西，只觉得心里非常难过，就劝慰道：“父亲，我们一家虽然遭到小人的算计，可是您对大秦的贡献是卓越的，您的名字也将会在整个华夏的史册上熠熠生辉，因为您的郡县制，是不会被抹杀掉的，您无愧于伟大的始皇帝，无愧于伟大的秦帝国，您也是这个时代顶天立地的大英雄！”
李斯听了儿子的评价，欣慰地点了点头，道：“儿啊，你对父亲的评价也还有些道理，这我爱听。你记不记得我们以前在老家时，我俩一起牵着咱家的大黄狗，在上蔡东门的郊外追逐野兔的事儿？”李固看着年迈的父亲，心里难过极了，他没有想到父亲会想起他小时候的事情，并且还记忆犹新，就赶忙回答：“父亲，我怎么会忘呢？那时候我还小，牵不住那只大黄狗，可非要哭着自己牵，结果有一次大黄狗就从我的手里跑掉了。”李固说着，嘴角也泛起了一阵苦笑。李斯感慨万分地说：“可惜啊！那些快乐的日子已经不会再有了！”李固听了这话心如刀绞。
在渭河北岸的咸阳市上，庶人集中，商旅往来频繁，这里是秦都最大的也是固定的一片商业市场，不过秦国处决犯人也在这里进行。李斯等一行人被押到这里后，阎乐就命令刀斧手把李斯先押到刑台上等待行刑的时刻。这时周围已经聚集了许多围观的百姓，他们都是面无表情，他们都不明白为什么做秦国的将相都不得好死？这些将相们，他们掌权时能呼风唤雨，失势时却被诛灭三族，这是为什么？
五时三刻到了，阎乐就当众宣读了李斯的“罪状”，他说李斯身为丞相，可心怀不轨，暗中唆使长子李由谋反，其证据已经十分确凿，李斯犯有了十恶不赦的大罪。现在皇帝已经查明了所有的犯罪事实，因此要灭他三族。百姓听了这些事情，也不知道实际的情况，只好看着李斯行刑了。
时间不大，阎乐就喝令对李斯行刑。第一项是劓刑，就是先割掉鼻子。刽子手就走上前去，只见他将手中的刀子一挥，一道寒光闪过李斯的眼前，随之而来的就是一声撕心裂肺般的惨叫，李斯随之大骂：“奸贼！昏君！你们一定不会有好下场啊！不远的将来，山东的叛军一定会打到这里！可惜啊！我不能亲眼看到那一天了，这里最终会变成一片麋鹿行走的荒无人烟的瓦砾场啊！哈哈哈！”鲜血直从李斯的鼻腔往外喷涌，整个脸和前胸已经染成了红色。李固的老娘，李斯的夫人当场晕倒。其余的亲族、家眷、兵俑、丫鬟号啕大哭。
过了一会儿，李斯又发出一声撕心裂肺般的惨叫，原来是行刑人员执行了第二项刖刑，就是砍掉脚趾头。李斯应声倒下。李固拼命地大骂赵高，所有的亲戚眷属都放声悲嚎，哭声简直能使天上的云朵凝止，风儿转向。李斯的妾也昏了过去。紧接着第三项腰斩。犯人被行刑的人放倒，腿和肩绑在刑板上，一个大力士挥起大砍刀，拦腰将犯人斩成两段。可怜李斯还没断气，两只眼睛还在翻转，嘴角也在抽搐。李固看到此情景，也昏死过去了。四百名亲族眷属哭声如雷，呼天抢地，有的亲属在惊叫，他们已经有人疯了，有的在叫骂，有的在挣扎。接下来第四项就是砍头。行刑人员用力不大，就将李斯的头砍了下来。只见李斯的两只眼睛睁得很大，这分明是死不瞑目啊！其实他在受腰斩之刑时，那缕忠魂和冤魄就已经慢慢地脱离了躯体，幽幽荡荡地飘在半空，直到砍下脑袋，那无所归依的灵魂就向着故乡上蔡县飞逝而去。最后一项刑法是弃市，就是把李斯的尸首弃之于市，不去掩埋。
秦国在处决犯人的时候，还把老百姓驱赶到刑场上观看，目的就是来警诫百姓不要犯罪。这些百姓虽然都被吓住了，可他们的内心却是悲愤得无法形容。他们也知道李斯是一位忠臣，一些真实的内幕他们虽然不知道，可是现在见李丞相死了，人人心中都很悲痛，如丧考妣。
处决完李斯后，刽子手又杀了李斯的妻子和儿子。紧接着就屠杀那四百位眷属人员。一些女眷看到眼前的情景，就吓得拼命地向外逃命，可是她们那柔弱的身体在虎贲卫士的面前，一切努力都是徒劳的。行刑时间持续了很长的时间，以至于刀斧手都换了两班人员，总算把所有人员以及妇婴们屠戮殆尽了。刑场上尸体都堆成了山，血流成河。围观的百姓和士兵也吓得失魂落魄。突然间，不知为什么，所有的哭声都停了下来，人们似乎能够听见刀具騞騞的解剖声，每个人的脸如同白蜡，目光也呆滞了。在过后的一段时间里，那些曾经目睹过场面的人，人人都吃不下饭，睡不着觉，连做梦也都是那些啼哭悲号的冤魂。
在这三年中，这些行刑人员不知处决了多少犯人，这种惨无人道的酷刑对他们来说，早已是司空见惯，在他们的眼中杀人和杀猪宰羊也没有什么太大的区别。此时人们的哭声惊动着整个咸阳市，仿佛大地都在哀伤、哭泣。可是谁也没有想到：秦国自从杀了李斯后，朝廷中就再也没有人为二世效命了，也没有人能够斡旋当时那风雨飘摇的局面，不可一世的大秦皇朝就是在这片哭声中宣告了她悲壮而且凄美的终结。
唐人对李斯的死也是感叹不已，写诗道：
蜀魄湘魂万古悲，未悲秦相死秦时。
临行犹忆仓中鼠，上蔡东门去自迟。
又宋人写诗道：
（其一）
燃除留籍忍坑儒，本欲愚人卒自愚。
若是当时甘被逐，东门牵犬欢应无。
（其二）
李斯何敢妄坑儒，但作逢君固位图。
造物欲为儒报德，故教草草杀扶苏。